За участие в боевых действиях против басмачей Э. Шахт неоднократно отмечался командованием. 28 февраля 1928 года Приказом командующего войсками округа за № 49 «За выдающуюся работу в боевых условиях» Комиссией наград при РВС СССР он был награжден револьвером «Маузер» за № 355813 с надписью «Стойкому защитнику пролетарской революции».
26 ноября 1930 года за подвиги, совершенные при отражении нападений басмачей, и их последующую ликвидацию Э.Г. Шахт был награжден орденом Красного Знамени.
Повышая свое воинское мастерство и образование, в 1931 году Эрнст Шахт окончил курсы усовершенствования командного состава при Военно-воздушной академии Генерального штаба. С ноября 1932 года он продолжает службу в должности командира резервного авиаотряда, обслуживающего Управление ВВС РККА, являясь постоянным пилотом начальника ВВС РККА Я.И. Алксниса.
25 мая 1936 года за выдающиеся успехи в овладении авиационной техникой и умелое руководство боевой и политической подготовкой вверенного соединения майор Э.Г. Шахт был награжден орденом Ленина.
С сентября 1936 по февраль 1937 года майор Э.Г. Шахт участвовал в национально-революционной войне в Испании. Первоначально на аэродроме Алькала-де-Энарес он обучает молодых республиканских летчиков технике пилотирования и нанесению бомбовых ударов. Летать приходилось на устаревших и тихоходных самолетах «Бреге-19», «Ньюпор», «Потез-54».
В октябре 1936 года в Картахену прибыл пароход «Старый большевик». На нем были доставлены первые советские скоростные бомбардировщики (СБ). За короткий срок были произведена сборка и облет новой техники на аэродроме Альбасете. В результате в конце октября 1936 года в войсках республиканской Испании появилась 1-я бомбардировочная эскадрилья скоростных бомбардировщиков (СБ) под командованием Э.Г. Шахта.
В день, когда последний из доставленных из СССР самолетов был собран и приведен в боевую готовность, над аэродромом появился фашистский разведчик. Испанское командование отнеслось к данному факту спокойно, полагая, что наступающий вечер не позволит авиации противника что-либо предпринять. Однако Шахт так не считал. Он сразу же отбыл в штаб республиканских ВВС и добился срочного перебазирования эскадрильи на полевой аэродром Томельосо.
На следующий день стало известно, что с наступлением темноты аэродром Альбасете был подвергнут массированной бомбардировке. Благодаря решительным действиям Эрнста Генриховича удалось сберечь новую технику и людей от неминуемой гибели.
28 октября 1936 года эскадрилья под командованием Э. Шахта совершила первый боевой вылет на бомбардировку франкистских позиций. Бомбардировщики СБ совершили налет на аэродром в Талавере в 160 километрах западнее Мадрида. В результате было уничтожено 15 самолетов мятежников. Поднятые по тревоге истребители не смогли догнать бомбардировщики СБ.