Несмотря на большой опыт, руководить подразделением Эрнсту Генриховичу было нелегко. Рассказывает писатель М.П. Сухачев: «От природы скромный, даже застенчивый, он с трудом познавал русский язык и, несмотря на то, что прожил в СССР четырнадцать лет, говорил с сильным акцентом. Это становилось особенно заметным, когда Шахт волновался. Путая русские слова с немецкими, он спешил скорее произнести всю фразу, как правило, заканчивал ее на немецком языке. Сознавая за собой этот недостаток, Шахт хотел иметь такого помощника, который бы схватывал его мысль, развивал ее, облекая в необходимую словесную форму. В Прокофьеве он видел того человека, в котором нуждался: уравновешенного, делового. Шахту даже нравилось, что Гавриил такой же, как он, немногословный. Постепенно он переложил вопросы организации боевых действий эскадрильи на Прокофьева, оставив за собой право их контроля и вождения группы»{4}.
Участвуя в национально-революционной войне испанского народа, Эрнст Генрихович проявил себя как один из выдающихся авиационных командиров и новаторов в деле применения бомбардировочной авиации. Рассчитав, что бомбардировщик СБ даже с полной нагрузкой может уйти от любого вражеского самолета, Шахт предложил использовать эти скоростные качества и совершать налеты на вражеские аэродромы без сопровождения истребителей. Это являлось революционным новшеством в авиации того времени.
В первых же полетах выявился ряд существенных недостатков СБ, которые пришлось устранять на месте. Начали бронировать место пилота и стрелка, увеличивать бомбовую нагрузку. Особенно не устраивали поставленные на самолет вместо скорострельных ШКАСов устаревшие 7,62-мм пулеметы ДА, они не обеспечивали должной огневой защиты при нападении истребителей врага. Для исправления ситуации Шахту пришлось даже обменять выделенную ему легковую машину на 4 ШКАСа, использовавшихся где-то в качестве зенитных пулеметов. Он же и поднял вопрос о переоборудовании места стрелка-радиста, так как в полете при открытой кабине его голова, если он занимал боевое положение или следил за обстановкой в воздухе, обдувалась мощными потоками воздуха.
Чтобы замаскировать аэродром, на котором базировалась его эскадрилья, Эрнст Генрихович приказал сделать в середине его огород.
К концу 1936 года эскадрильей Шахта было совершено большое количество боевых вылетов: уничтожены самолеты на аэродроме Севилья, железнодорожные составы с живой силой и техникой франкистов на станциях Мерида, Бадахос. Почти ежедневной бомбардировке подвергались рвавшиеся к Мадриду войска мятежников. Самолетов в строю оставалось все меньше, на одной машине в течение дня совершали по несколько вылетов разные экипажи.