Наконец, Цезарь получил подкрепление и разгромил египтян на поле боя. Молодой Птолемей XII попытался бежать, но его лодка, сильно перегруженная, перевернулась, и он утонул в Ниле. Таков был конец этого царя.
Теперь Цезарь мог решить проблему управления Египтом. Его симпатия к Клеопатре все усиливалась, и он решил, что царицей останется она. Однако царице нужен был соправитель — мужчина, и Цезарь решил использовать для этой цели младшего брата Клеопатры и Птолемея XII. Ему исполнилось всего десять лет, когда он вместе с Клеопатрой стал царем Египта под именем Птолемея XIII.
Цезарь торопился покончить с этим делом, ибо ему следовало спешить в Малую Азию, где начались новые неприятности.
На северном побережье Черного моря жил Фарнак, сын Митридата Понтийского, старинный враг Рима. Фарнак в 63 г. до н. э. восстал против своего отца, заставив старика покончить с собой. Потом он подчинился Помпею, который оставил его правителем Крымского полуострова.
В последующие годы Фарнак сохранял верность Помпею, но не смог устоять перед искушением воспользоваться гражданской войной в Италии и вторгнуться на территорию Понта, с намерением вернуть себе утраченные владения своих предков. Он сумел даже разгромить римскую армию под командованием одного из соратников Цезаря.
Цезарь в 47 г. до н. э. вторгся в Малую Азию и встретился с войском Фарнака у города Зелы, что на западной границе Понта.
Битва была короткой. Когда римские легионы пошли в атаку, солдаты Фарнака дрогнули и побежали — этим все и закончилось. Понт снова покорился Риму, и Цезарь послал в Рим короткое послание, хорошо отражающее ту быстроту, с которой была одержана победа, — «Veni, vidi, vici» («Пришел, увидел, победил»).
Разгромив Фарнака, Цезарь, наконец, после более чем годового отсутствия, вернулся в Рим.
Конечно, в Риме у него оставались свои люди. Отправившись в Египет, Цезарь послал в Рим Марка Антония (который вместе с Цезарем руководил битвой при Фарсале). Марк Антоний следил, чтобы Рим сохранял верность Цезарю, хотя ему недоставало умения сглаживать острые углы, — он был склонен к необдуманным действиям, особенно когда поползли слухи, что Цезарь погиб в Египте. Когда римляне выходили из повиновения, Марк Антоний только и мог, что приказать своим воинам убить нескольких смутьянов.
Возвращение Цезаря означало установление строгого контроля над жизнью Рима. К удивлению многих, он не стал казнить своих противников и, конфисковав их имущество, награждать своих сторонников, как было принято в те времена. Он обошелся со своими противниками весьма мягко и благодаря этому завоевал симпатии многих из них.