Согласно секретным статьям, русские должны были передать французам район Котора. Ионические острова должны перейти «в полную собственность и державное обладание» Наполеона. Александр I «обязуется признать Е.В. Короля Неаполитанского Жозефа-Наполеона Королем Сицилии непосредственно после того, как Король Фердинанд IV получит в вознаграждение Балеарские острова или остров Кандию, или что-либо иное такого же значения». То есть Александр I признавал оккупацию Наполеоном Южной Италии, заранее одобряя вторжение французов в Сицилию.
В итоге Россия была принуждена заключить унизительный договор с Турцией. Русская армия и флот должны были отдать свои базы на Ионических островах французам и убираться из Средиземного моря. Население Ионических островов, принявшее русское подданство, вероломно выдавалось французам. Вот во что обошлось вмешательство Александра в германские дела.
Победители турок при Афоне не только должны были все бросить и уйти. Тильзит сделал последних союзников Сенявина — Англию и Фердинанда IV — врагами.
Ни Александр I, ни его приближенные в Петербурге даже не пытались понять ситуацию на Средиземном море. 28 июня царь подписал указ Сенявину: судам, числящимся в Балтийском флоте, идти в Кронштадт, а судам, числящимся в Черноморском флоте, идти в Севастополь. Причем указ, благодаря петербургским бюрократам, дошел до Сенявина аж 23 августа. Царь и не думал о штормах и бурях в Средиземном море и Атлантике в осенний и зимний период.
К этому времени русский флот на Средиземной море был разделен на две эскадры. Большая эскадра непосредственно под командованием Сенявина находилась в Эгейском море, а эскадра капитана-командора И. А. Баратынского вела боевые действия против французов в Адриатике. В ее составе были корабли «Св. Петр», «Москва», трофейный корабль «Сед-эль-Бахри», фрегат «Михаил» и ряд малых судов.
19 сентября 1807 г. Сенявин вышел из Корфу и направился к Гибралтарскому проливу. Вместе с ним шло 9 кораблей («Рафаил», «Мощный», «Сильный», «Скорый», «Селафаил», «Ретвизан», «Св. Елена», «Твердый», «Ярослав») и фрегат «Кильдюин». Сенявин планировал пройти из Корфу до Копенгагена (свыше 3000 миль) без захода в порты, что до него не делала ни одна русская эскадра. Но после прохода Гибралтара русская эскадра встретилась с сильным противным ветром, не прекращавшимся в течение 20 суток. Из-за повреждений кораблей эскадра была вынуждена 30 октября 1807 г. зайти в Лиссабон. Португальская королева приветливо и доброжелательно встретила русских и обещала помочь в ремонте.