Но в это время наполеоновские войска вторглись в Португалию. 18 ноября войска генерала Жюно заняли Лиссабон.
Между тем в октябре 1807 г. Александр I объявил войну Англии. Поначалу царь по просьбе Наполеона подчинил русскую эскадру в Лиссабоне русскому послу в Париже Толстому. А 1 марта 1808 г. и вовсе подчинил Сенявина Наполеону. Этот указ был вручен Сенявину 8 апреля 1808 г. К этому времени англичане начали теснить французов на Пиренейском полуострове. Генерал Жюно несколько раз предлагал Сенявину принять участие в боевых действиях против англичан, но каждый раз получал вежливый отказ.
9 сентября 1808 г. Жюно потерпел поражение в битве у Веми-Эйро и капитулировал. По условиям капитуляции остатки войск Жюно на английских транспортах были перевезены во Францию. Там же было сказано, что порт Лиссабон остается нейтральным для русской эскадры. Но командующий английской эскадрой, блокировавшей Лиссабон, адмирал Котгон, отказался признать условия капитуляции и потребовал сдачи русских кораблей. Заметим, что англичане всегда соблюдали лишь те договоры и соглашения, которые устраивали их, вспомним отказ Нельсона принять условия капитуляции в Неаполе.
Русские корабли стояли на реке Тахо в Лиссабоне. Англичане захватили оба ее берега. В море русских ждали 15 английских кораблей и 10 фрегатов. Сенявин мог выйти лишь на семи кораблях и одном фрегате, так как корабли «Рафаил» и «Ярослав» имели течь и могли потонуть, едва только показавшись в море.
В такой ситуации Сенявин 25 августа 1808 г. подписал договор о передаче русских кораблей на хранение английскому правительству. Под конвоем английской эскадры семь русских кораблей и фрегат «Кильдюин» 15 сентября 1808 г. были доставлены в Портсмут. «Рафаил» и «Ярослав» «за ветхостью» были оставлены в Лиссабоне, где их захватили англичане.
Экипажи кораблей, пришедших в Портсмут, в 1809 г. были отправлены в Ригу на английских транспортах. Сами же корабли остались в Англии. Лишь в 1813 г. в Россию вернулись «Мощный» и «Скорый». Остальные корабли были негодны к переходу в Россию, они так и остались в Англии.
Не лучше сложилась судьба и остальных кораблей русского Средиземноморского флота. По царскому указу эскадра капитана-командора Салтанова, состоявшая из судов Черноморского флота, должна была идти в Севастополь. В ее составе было пять кораблей, четыре фрегата, четыре корвета, четыре брига и двадцать призовых судов. Но турки отказались пропустить их через Проливы.
Корабли «Москва» и «Св. Петр» 2 октября 1807 г. вышли из Корфу и двинулись к Гибралтару в надежде прорваться в Россию. Но 9 октября между Сицилией и Сардинией они попали в сильнейший шторм и из-за повреждений были вынуждены зайти в порт Ферайо на острове Эльба. Французы не пустили их дальше. В начале 1808 г. оба корабля перешли в Тулон, где и простояли 22 месяца под русским флагом. 27 сентября 1809 г. поступило Высочайшее повеление продать корабли Франции.