Едва взойдя на престол, молодой фараон Аменхотеп ввел реформу, не имеющую себе равных по смелости замысла и размаху: в противовес многочисленным египетским богам он создал культ бога Атона, чьим олицетворением объявил солнечный диск. Как полагают исследователи, целью этой реформы было ослабить египетское жречество, захватившее слишком много власти, а также обеспечить с помощью единого культа единство довольно разрозненного египетского населения. Поначалу Атон мирно соседствовал с культами прежних богов – он лишь был провозглашен верховным божеством, так же, как солнце стоит выше всего мира. Но со временем Атон был объявлен единственным богом: храмы прежних богов были закрыты, жрецы разогнаны, их статуи разрушены. Себя же фараон объявил воплощением Атона, бессмертным абсолютным божеством, ведающим жизнями подданных и судьбой всего мира.
В религиозных церемониях, которыми сопровождался культ фараона, Нефертити принимала самое непосредственное участие: она была первой жрицей бога-фараона, его верной спутницей и соратницей. Вместе с мужем она насаждала новую веру, искренне и страстно служила и новому культу, и собственному мужу. Нефертити стала живым воплощением солнечной силы, дарующей жизнь всему сущему: ей и ее статуям возносились молитвы и приносились жертвы. «Она проводит Атона на покой сладостным голосом и прекрасными руками с систрами, – написано о ней на стене гробницы одного из вельмож ее супруга, – при звуке голоса ее ликуют». Другой текст называет ее «красавицей, прекрасной в диадеме с двумя перьями, владычицей радости, полной восхвалений, преисполненной красотами».
По версии иноземного происхождения Нефертити, культ солнца-Атона в Египет принесла именно она: митаннийцы издревле поклонялись солнцу, и будто бы прекрасная царица смогла обратить в свою веру и супруга.
В честь бога Атона были изменены имена фараонской четы, их детей и приближенных: Аменхотеп берет себе имя Эхнатона (Их-не-Айти, «Полезный для Атона»), а Нефертити отныне именуется Нефер-Неферу-Атон – «Прекрасная красотой Атона», то есть «красотой подобная солнцу». В трехстах километрах к северу от прежней столицы, прекрасных и пышных Фив, Эхнатон приказал построить новую – Ахет-Атон (Ах-Йати, «Заря Атона»), где строятся роскошные храмы и дворцы. Самым распространенным сюжетом росписей и барельефов, украсивших стены новой столицы, были удивительно реалистичные для жестко регламентированного египетского искусства изображения фараона, его супруги и их детей: вот Нефертити сидит на коленях у мужа, вот они играют с детьми, вот она с дочерьми молится богу Атону – диску со множеством рук. Любовь фараона и его жены стала символом нового правления и залогом благоденствия для всей страны.