Однако годы шли, а Нефертити так и не смогла подарить мужу сына и наследника: одна за другой у нее родились шесть дочерей. Как полагают исследователи, это стало причиной охлаждения фараона к прежде обожаемой супруге. Все чаще рядом с именем фараона упоминается не Нефертити, а Кийа – прежде второстепенная царица, теперь же полноправная правительница, владычица сердца Эхнатона. До нас дошли даже стихи, которые фараон посвятил своей новой любви. Имя же Нефертити постепенно исчезло из обихода – скорее всего, опальная царица жила в одном из загородных дворцов, проводя дни в сожалениях о прошлом.
Однако есть и другая версия разлада между Нефертити и ее мужем: в последние годы Эхнатон, под влиянием матери и под давлением обстоятельств, уже не так ревностно служил новому культу, вернув жрецам прежних богов многие права. Нефертити, которая была ревностной почитательницей культа Атона, не простила своему мужу предательства и удалилась от двора.
Есть и третья, самая фантастическая версия: будто бы Эхнатон, отчаявшись дождаться от супруги наследника, но по-прежнему любя ее, взял себе новую жену – собственную дочь Меритатон, – а Нефертити сделал своим соправителем под мужским именем Сменхкара. Когда же Эхнатон скончался, Сменхкара правил Египтом единолично. Эта версия основывается на том, что у Нефертити и Сменхкары одинаковые личные и тронные имена.
Однако большинство ученых полагают, что Сменхкара был младшим братом Эхнатона или сыном от Кийи: он был женат на Меритатон и коронован еще при жизни Эхнатона, дабы избежать возможных споров о наследовании. Сменхкаре наследовал Тутанхатон, сын Эхнатона и Кийи, женатый на его дочери от Нефертити по имени Анхесенпаатон. Он окончательно отошел от культа Атона и даже сменил свое имя, назвавшись Тутанхамоном – благодаря счастливой случайности, не позволившей грабителям обчистить его гробницу, ныне он один из самых известных фараонов, хотя ничего великого он за свою жизнь не совершил.
Как считает большинство историков, Нефертити скончалась в Фивах незадолго до своего сорокалетия. Место ее захоронения неизвестно.
В 2003 году английский археолог Джоан Флетчер высказала предположение, что мумия, известная под номером 61072, принадлежит Нефертити. С помощью компьютерных технологий экспертам удалось на основе рентгеновских снимков мумии воссоздать ее облик – и, к изумлению самих ученых, полученное лицо было удивительно похоже на бюст, найденный когда-то профессором Борхардом в мастерской Тутмеса. Хотя исследование Флетчер было подвергнуто жестокой и местами справедливой критике, все равно хочется верить, что тело прекрасной царицы наконец было найдено.