Когда мальчику исполнилось четыре года, неожиданно умер его отец. Мать Шиватарака, оставшись вдовой, сделала все возможное, чтобы воспитать сына в лучших традициях индийской мудрости. Приступив к изучению четырех Вед, а также различных наук и искусств, Шанкара очень скоро обнаружил блестящие способности и превзошел в познаниях даже местных учителей-брахманов. Однако истинное свое призвание юный Шанкара ощутил по достижении восьми лет. У него возникло непреодолимое желание постичь высшую мудрость, которой не обладали местные наставники. Согласно легенде, решив покинуть родительский дом, сын пообещал матери, что непременно вернется, когда она почувствует приближение смерти, чтобы принести ей последнее утешение.
Юный Шанкара будто заранее знал, куда идет, ибо через несколько дней он добрался до шиваитских святилищ, где обитали отшельники. Мальчик приблизился к одному из старцев и, согласно преданию, представился учителю одним из воплощений бога Шивы, принявшим человеческий облик. Оказалось, что старец по имени Говинда давно уже поджидал Шанкару, чтобы стать его наставником. Так началось ученичество юного пилигрима. Под руководством Говинды он два года постигал основы учений адвайта-веданты, не упуская из виду и собственное творчество. В шиваитском святилище Шанкара создал многие гимны, ряд философских трактатов и комментарий к некоторым разделам древнего учения Упанишад. Кроме того, в последующие четыре года Шанкара, получивший благословение Говинды, написал комментарий ко всем произведениям так называемого Тройственного канона – Брахма-сутрам философа Бадараяны, Бхагавадгите и основным Упанишадам. Затем молодой комментатор веданты отправился на священную гору Кайласа, на которой, по преданию, ему явился сам Шива в образе наставника высшего знания, а также совершил паломничество в священный город Бенарес, где остановился в древнем святилище Бадаринатха. Здесь и застало его известие о тяжелой болезни матери. Он немедленно прибыл в родную деревню Кералы, где застал Шиватараку умирающей. Отбросив на время высокую философию, юный отшельник начал петь матери гимны, посвященные Шиве и Вишну, что помогло женщине с твердостью и спокойствием встретить свой смертный час.
Совершив необходимые погребальные обряды для матери, Шанкара вновь отправился в странствия по святым местам и наконец появился в городе Праяге. Там произошла его первая встреча с крупнейшими толкователями школы миманса Кумарилой и Праб-хакарой. Эти ученые также занимались толкованием Вед, воспринимая их тексты как высший авторитет и сверхчувственную универсальную субстанцию, которая является абсолютной и вечной. Однако в публичном диспуте Шанкара смог доказать преимущество своего изложения Вед, в результате чего даже приобрел приверженцев из числа прежних учеников двух знаменитых философов.