Видя отход неприятеля, Бонапарте направил в наступление на Эмбабех две свежие дивизии (Бон и Мену), которые заключили обоз в огненное кольцо. В этот момент Мурад-бей ударил во фланг французов со своими резервами и остатками распыленных перед тем мамелюков. Лицо его было покрыто кровью, от бешенства он ничего не видел, потому он и метался на своем чудном арабском скакуне, только ярость его уже ничего не могла изменить. Французы тут же выстроились в новые каре, которые продвигались вперед, медленно и мерно, словно танки на первой передаче, отпихивая и раздавливая все, что стояло на пути. В решающий момент, по знаку Наполеона каре раскрылись, развернулись, а затем соединились, будто звенья цепи, и значительно поредевшие мамелюки очутились между окопами и стеной неприятелей. Началась резня.
Мурад уже не думал о победе - главное теперь было вырваться из кровавого круга. Последняя атака разорвала цепь, и оставшиеся в живых мамелюки бросились в сторону Нила. Их нагоняла колонна Бона, сбрасывая врагов в реку, из которой потом солдаты вылавливали их, сдирали все ценное, а трупы снова выбрасывали в воду. Останки гордых всадников плыли к морю, рассказывая прибрежным деревням о триумфе неверных.
Предводителю мамелюков удалось уйти живым от разгрома. Успев еще поджечь "джермы" - плавающие по Нилу корабли - с сокровищами, он промчался через Гизу и скрылся в бескрайней пустыне. Наполеон же устроил в его чудесной, окруженной виноградниками и садами вилле в Гизе свою штаб-квартиру, а после захвата Каира поселился во дворце Мурад-бея.
Баланс битвы под пирамидами для мамелюков был ужасен. Они потеряли три тысячи человек, сорок пушек, четыреста верблюдов с грузом и столько же лошадей - у французов было только 400 убитых и 120 раненных. Несмотря на поражение, храбрость мамелюков заставила их уважать. У них не было ни малейшего шанса - за противостояние собственной стихийной, импровизированной, насчитывающей сотни лет тактики военной машине человека, который превратил войну в сложнейшее, управляемое разумом искусство, и был в этой игре гроссмейстером, им пришлось заплатить наивысшую цену. И заплатили, поскольку здание их могущества в этот июльский день разрушилось уже бесповоротно.
А памятником их храбрости стало описание битвы, сложенное Абдер-Рхаманом. Это нечто вроде рыцарского эпоса, в котором можно услыхать нотки далеких, позабытых времен, крестовых походов, поэм Тассо о Танкреде, наполненного поклонением тем самым фанатичным чувствам и идеалам, которые поднимали мамелюков на бой с неверными еще со времен средневековья и до самой пред-промышленной эры. Абдер-Рхаман воспевает смерть молодого Эюб-бея, которому приснился сон о собственной смерти в бою с французами. Перед битвой юноша готовится к смерти с традиционным церемониалом, он провел обмывание, прочитал последние молитвы и закончил их словами: "О Аллах, тебе доверяюсь!". Неверных он атаковал с возгласом: "О Аллах! Во имя твое иду на бой!", сражаясь же, он видел небесную гуриссу, нашептывающую ему: "Будь первым в стремлении к славе, и, покинув свой свет, ты прибудешь к нам. Здесь истинная жизнь". Когда же он получил смертельный удар, упавшая с неба звезда окружила его голову ореолом и осветила гаснущие глаза.