Научная карьера удачно складывалась, но к моменту выхода в свет описания диалектов и статьи о транскрипции их автор уже был с головой в политике. Она интересовала его и до Февраля: в 1937 г. на следствии он будет рассказывать, что во время поездок в Японию выполнял разведывательные задания российского Генштаба. И это было правдой, в отличие от показаний о его «вербовке» в это же время японскими спецслужбами. Японист Я. А. Шулатов нашел в архиве Военно-морского флота документ об использовании командируемых в Японию и Корею Е. Д. Поливанова и Н. И. Конрада «для производства ПОЛИТИЧЕСКОЙ РАЗВЕДКИ, и одновременно для подготовки почвы к будущему расширению СПЕЦИАЛЬНОЙ ОСВЕДОМИТЕЛЬНОЙ СЛУЖБЫ». Поливанову вменялось в обязанность «ознакомиться с существующими ныне в Японии научно-политическими обществами, изучающими страны, лежащие по побережью Тихого океана… Его исследование должно показать, какие политические цели поставило себе каждое данное общество и в каком (политическом) направлении эта работа совершается».
Во время травли Поливанова в 1929 г. его противники распространяли версию о его связях до 1917 г. с «Союзом русского народа», то есть с черносотенцами. Так это или нет, но в 1917 г. он сдвинулся резко влево. Это случалось тогда с молодыми интеллигентами нередко, но Поливанов зашел здесь дальше большинства других.
Не оставляя работу в университете, он сотрудничает с Кабинетом военной печати при Всероссийском Совете крестьянских депутатов, публикует статьи в газете «Новая жизнь». В это время Поливанов связан с левыми меньшевиками, но в первые дни после Октября, когда новая власть призвала специалистов к сотрудничеству с ней, одним из немногих откликнувшихся оказался Евгений Дмитриевич, в том числе он стал единственным в университете. Еще беспартийный, он попадает в Наркомат иностранных дел, который тогда возглавил Л. Д. Троцкий. Вместе с большевиком И. А. Залкиндом он становится одним из заместителей первого советского наркома.
О дальнейшем пишут авторы биографического очерка о Поливанове А. А. Леонтьев, Л. И. Ройзензон, А. Д. Хаютин: «В октябре-декабре 1917 г. Поливанов вел в министерстве (ставшем вскоре НКИД) большую и многогранную работу. Он занимается, в частности, всеми связями со странами Востока, являясь «уполномоченным народного комиссара по иностранным делам», т. е. заместителем наркома по Востоку, и заведуя соответствующим отделом. Особенно велика роль Е. Д. Поливанова в опубликовании тайных договоров царского правительства». Во всем этом пригодился полиглотизм. На следствии Поливанов говорил, что его деятельность не ограничивалась Востоком: в частности, ему принадлежал первоначальный вариант Брестского мира с Германией (потом переделанный Троцким). А на факультете, где «чужака» и раньше не любили, ему не подавали руки.