Работам по Ме 163В в меру своих все возрастающих возможностей мешала англоамериканская бомбардировочная авиация. 17 августа 1943 г. 126 «Летающих крепостей» В-17 отбомбились по предприятиям «Мессершмитт» и «Клемм», причинив значительные потери. В частности, в Бёблингене было уничтожено 11 готовых Ме 163В, а на заводе «Мессершмитт» разрушена линия по выпуск Bf 109. Это привело, с одной стороны, к ускоренной передаче производства «Комет» на фирму «Клемм», а с другой — практически избавило последнюю от надзора со стороны прикомандированных инженеров «Месершмитта» — те понадобились для восстановления производства на родном заводе.
В ночь с 17 на 18 августа налету 597 британских бомбардировщиков подвергся исследовательско-испытательный центр в Пенемюнде. Хотя бомбежка, причинившая существенные разрушения, не затронула расположение EKdo 16, рейхсминистерство авиации решило перевести испытательную команду в более безопасное место — первоначально в Анклам, а затем в Бад Цвишенан под Ольденбургом. К тому времени персонал ЕК 16 насчитывал 150 человек, в т. ч. 5 пилотов-инструкторов и 23 летчика, обучаемых на Ме 163. В распоряжении команды было восемь Ме 163 (7 Ме 163А и единственный Ме 163В), три планера и пять самолетов-буксировщиков и связных машин.
Подготовка будущих пилотов ракетопланов была многоступенчатой, а её главным компонентов являлось освоение пилотирования и посадки в безмоторном режиме. При этом летчики тренировались на нескольких типах планеров, отличавшихся постепенно увеличивавшейся посадочной скоростью. Начиналось обучение с тренировок на планере «Краних» («Журавль»), затем курсанты переходили на «Хабихт» («Ястреб») с размахом крыла 13,60 м. После приобретения необходимых навыков начинались полеты на другой модификации «Хабихта» с крылом размахом
8.00 м. Наконец, курсант пересаживался на планер «Штюммель Хабихт» (буквально — «Окурок ястреба») с размахом крыла 6.00 м. Его посадочная скорость составляла около 100 км/ч. Выполнив порядка 100 полетов на планерах пилот получал допуск к безмоторным полетам на Ме 163А. Самолет с топливными баками, заполненными водой, поднимался на буксире за Bf 110 на высоту 3–4 тысячи метров, а затем отцеплялся. Пилот выполнял слив воды (имитируя операции по сливу остатков топлива) и заходил на посадку. Посадочная скорость такого самолета (пустого) достигала 150 км/ч. После доведения до совершенства техники посадки летчик мог выполнять ракетные старты на Ме 163А. С переходом на Ме 163В последовательность повторялась: сначала посадки на безмоторном самолете, затем — полеты с включенным ЖРД. Этот этап обучения удалось начать только в начале 1944 г., когда ЕК 16 получила первые Ме 163В-0 производства фирмы «Клемм».