Одной из причин царившей в городе неразберихи было то, что людьми Ростопчина была выпущена из тюрем тысяча колодников, которые устремились на грабеж оставленных жителями домов. Известно, что градоначальник велел поджечь даже свою усадьбу Вороново.
Анализируя причины пожара, необходимо учитывать, что он менее всего был выгоден французам, ведь они планировали зимовать в городе. При этом они сами потушили, среди прочего, дворец Баташева и Воспитательный дом. Торговый ряд загорелся еще 2 сентября, и, как вспоминал чиновник Бестужев-Рюмин, был подожжен каким-то полицейским. О том, что за поджиганием домов ловили людей в полицейских мундирах, сообщают и французские мемуаристы. В частности, сержант Бургонь вспоминал, что из числа поджигателей «по крайней мере, две трети были каторжники… остальные были мещане среднего класса и русские полицейские, которых было легко узнать по их мундирам».
Офицер Ложье главным зачинщиком пожара считал Ростопчина и рассказывал о нескольких случаях поимки французами поджигателей: «В городе постоянно вспыхивают пожары, и теперь уже ясно, что причины их не случайны. Много схваченных на месте преступления поджигателей было представлено на суд особой военной комиссии. Их показания собраны, от них добились признаний, и на основании этого составляются ноты, предназначенные для осведомления всей Европы. Выясняется, что поджигатели действовали по приказу Растопчина и начальника полиции Ивашкина. Большинство арестованных оказываются агентами полиции, переодетыми казаками, арестантами, чиновниками и семинаристами. В назидание решают выставить их трупы, привязанные к столбам, на перекрестках или к деревьям на бульварах – зрелище, которое не может нас веселить. Ночью видишь ракеты, которые все время с целью поджога пускают с колоколен, с крыш домов и даже на улицах. Схваченных на месте преступления сразу расстреливают».
Кроме того, сохранилось донесение полицейского пристава П. Вороненко, где он отчитывается перед московской управой благочиния в исполнении приказа «стараться истреблять все огнем», что он и делал весь день 2 сентября «в разных местах по мере возможности до 10 часов вечера».
Российский историк Н. Троицкий указывал, что без сожжения Москвы тарутинский маневр Кутузова (то есть переход армии из Москвы в село Тарутино) был бы лишен смысла. Известно также, что московские жители являлись к Кутузову и докладывали, что перед отъездом из города сожгли свои дома, ожидая за это поощрения.
Но после того как стало известно, что в огне погибло от 10 до 20 тысяч раненых российских солдат, градоначальник Ростопчин стал упорно отказываться от «авторства» пожара. Погибшие, как уже упоминалось ранее, были оставлены в городе на милость победителя. Дело в том, что после Бородинского сражения для их вывоза в глубь России катастрофически не хватало транспорта. При этом далеко не все раненые были транспортабельны. Исходя из этого, Ростопчин, чтобы оправдаться, писал: «Бонапарт, чтобы свалить на другого свою гнусность, наградил меня титулом поджигателя, и многие верят ему». Также он утверждал, что именно Наполеон «предал город пламени, чтобы иметь предлог подвергнуть его грабежу».