Вместе с тем, следует отметить, что на протяжении всего XX в. не исчезали сомнения в возможности построения методологии гуманитарного знания. Разнородность гуманитарной реальности ставит под сомнение возможность единой методологии для указанных областей гуманитарной науки: историю религии нельзя написать так же, как историю литературы, а психологию религии – так же, как экзистенциальную психологию. Метод исследования должен вырастать из предметной или иной гуманитарной науки. В этом смысле методология, собственно говоря, только до тех пор и «жива», пока продолжается исследование. Когда исследование закончено, вызванная им к жизни методология «умирает». Это доказывается тем фактом, что метод гуманитарных исследований практически невоспроизводим. Написаны тома по методологии Гегеля, Шпенглера и т. д. и т. п., но кому удалось повторить и реально применить их методологию в собственных работах? Гуманитарное исследование, с этой точки зрения, скорее искусство, чем наука. Впрочем, следует отметить, что аналогичные воззрения на методологию в XX в. появляются и в отношении естествознания, например, в анархистской концепции науки П. Фейерабенда.
Перечисленные выше особенности метода гуманитарных исследований делают особенно сложной проблему построения гуманитарной теории.
По определению, теория должна содержать хотя бы один закон. Но, как было отмечено, в области гуманитарной реальности, например в истории, законов нет или они пока неизвестны. Тогда как возможна гуманитарная теория?
В конце XIX – начале XX в. на роль теории в гуманитарном знании претендовали философия и социология. Подразумевалось, что именно они должны открывать общие законы гуманитарной реальности, которые будут специфическим образом преломляться в различных гуманитарных дисциплинах. Например, немецкий социолог Макс Вебер (1864–1920) считал, что социология конструирует идеальные модели господства, экономического обмена, ремесла и т. п., встречающиеся во все эпохи, в любой точке земного шара, в то время как история изучает конкретно-историческое формы проявления этих чистых универсальных моделей, которые он называл идеальными типами. Аналогично, философия истории Маркса претендовала на описание общей схемы исторического процесса, которую историки должны были наполнить реальным содержанием. Гуманитарное знание в XX в. пытается избавиться от предзаданных схем философии и социологии и выстроить себя как позитивную науку.
В целом можно сказать, что гуманитарное знание на своих собственных основаниях воспроизводит тот путь построения теоретической науки, который прошло естествознание.