Но в 1470-х гг. в нашу страну внедрилась ересь «жидовствующих». Сектанты целенаправленно старались захватить в свои сети верхушку общества. Среди тех, кто соблазнился, оказались и Патрикеевы. Ересь гнездилась при дворе Елены Волошанки, жены наследника престола Ивана Молодого. В 1490 г. его отравили. Строились планы возвести на трон малолетнего внука Ивана III – ребенка Волошанки Дмитрия Ивановича. Но ведь государь был женат вторым браком на Софье Палеолог, от нее тоже имелся сын, Василий.
В 1497 г. его оклеветали. Патрикеевы и их зять Ряполовский обвинили его, будто он готовит заговор против отца и Дмитрия. Доносили самые знатные, самые доверенные люди! Государь поручил им расследование – если они сумели что-то разузнать, пускай разберутся до конца. Патрикеевы рьяно взялись за дело и подтвердили: заговор существует. У нескольких приближенных Софьи под пытками вырвали признание. Двоих приговоренных четвертовали на льду Москвы-реки, четверых обезглавили. Знахарок, лечивших великую княгиню, объявили колдуньями и утопили. Многие дворяне попали в темницу. Иван Васильевич провозгласил наследником внука Дмитрия…
Однако насчет жены и сына он все-таки сомневался. Что-то не сходилось, совесть была не спокойна. Великий князь допускал, что их охмурили и втянули придворные смутьяны, обошелся с ними довольно мягко. Василия взял под домашний арест, «за приставы на его же дворе». Софью оставил в ее покоях, только не желал с ней видеться. Свои сомнения государь проверял, вел дополнительные розыски. Открывались новые факты. Миновал год, и всплыла истинная картина. Весь заговор Василия оказался клеветой! Иван III еще не знал о тайной организации еретиков. Расценил преступление только как дворцовую интригу: партия Елены Волошанки нейтрализовала соперников.
За клевету по русским законам полагалось такое же наказание, под которое подводились жертвы. Патрикеевых и Ряполовского Иван III приговорил к смерти. Но с ходатайствами за столь знатных особ выступил митрополит. А рядом с государем оставались еретики во главе с дьяком Курицыным, уговаривали смягчить кару. Все-таки двоюродный брат, племянник! Великий князь поддался. 5 февраля 1499 г. на Москве-реке, на том же месте, где год назад казнили мнимых заговорщиков, отрубили голову одному лишь Ряполовскому. Ивану Патрикееву и старшему сыну Василию казнь заменили пострижением в монахи. Одного отправили в Троице-Сергиев монастырь, второго в Кирилло-Белозерский. Младший сын, Иван Патрикеев, бояре Василий Ромодановский и Андрей Коробов отделались заключением.