Царская резиденция оказалась в полной власти восставших. Они никуда не торопились, зная, что управу на них сыскать негде.
Придворный карлик по кличке Хомяк указал, где прячется Афанасий Нарышкин. Выволокли, убили. Убили и Григория Ромодановского, первого полководца державы. Разыскали и умертвили Ивана Языкова, начальника Посольского приказа дьяка Лариона Иванова, начальника Приказа большой казны Аверкия Кириллова и многих других.
Беспорядки продолжились и в последующие дни.
16 мая стрельцы снова приходили с барабанным боем, требовали выдать старого Нарышкина и его сына Ивана, угрожая в случае отказа истребить всех бояр. Царица Наталья боялась, но отца с братом не выдала – спрятала в чулане.
То же повторилось на следующий день. Стрельцы пришли и не уходили. Они начинали уже сами пугаться того, что натворили: в столице анархия и безвластие, государство парализовано, кому-то придется за это отвечать. Нарышкины были нужны, чтобы повинились в злодейских умыслах, и тогда мятеж можно представить как заботу о царской безопасности.
Смерть Артамона Матвеева. И. Сакуров
Снова на передний план вышла Софья, которая в дни убийств никаких публичных действий не предпринимала. Теперь она сказала царице: выдай им хоть брата, иначе мы все погибнем. Возможно, Софья тоже рассчитывала на признания Ивана, которые позволили бы расправиться со всем нарышкинским родом.
Юного Нарышкина причастили, дали в руки икону и выпустили к стрельцам. Те схватили царицыного брата, поволокли в застенок и там подвергли страшным пыткам. Если б он дал показания, что Нарышкины замышляли убить царевича, весь мятеж выглядел бы иначе. Однако Иван выдержал все истязания и не оговорил себя. Его казнили на Красной площади.
Произошло еще несколько убийств. Замучили лекаря Даниэля фон Гадена, якобы отравившего царя Федора – доктора погубило то, что у него дома нашли какую-то сушеную каракатицу и это выставило его чернокнижником. Но настоящей измены обнаружено и доказано не было. Среди стрельцов начались разногласия, большинству уже хотелось восстановления порядка, только бы не понести наказание за бесчинства.
Требования стали умереннее. Царицыного отца Кирилла Полуэктовича стрельцы согласились не убивать, а постричь в монахи. Для других своих врагов тоже требовали не смерти, а ссылки. Всё это было исполнено.
Тут безусловно чувствуется рука Софьи, которая таким образом избавлялась от политических противников. Царевна в эти дни вела себя очень ловко. С одной стороны, она находилась рядом с Натальей и всей царской семьей, ужасаясь кровопролитиям, с другой – тайно принимала стрелецких представителей, обещая отстаивать их интересы.