В конце концов царевна урегулировала ситуацию. Стрельцов удалось успокоить на том, что им пожаловали за радение по десяти рублей каждому, а на Красной площади обещали поставить памятный столп в благодарность за очищение государства от злодеев. Изменили название стрелецкого войска – теперь оно стало именоваться «надворной пехотой», что намекало на близость ко двору. Начальником надворной пехоты по желанию стрельцов сделали Хованского-Тараруя.
Официально переход власти от Нарышкиных к Милославским был оформлен в два этапа.
26 мая по стрелецкой челобитной вместе с Петром и даже выше его, «старшим царем», посадили Ивана Алексеевича. После этого Софья начала угощать стрельцов во дворце, принимая по два полка в день, и 29 мая боярам было предъявлено новое требование: поскольку цари в малых летах, верховной правительницей будет Софья Алексеевна.
Такого на Руси никогда не бывало: чтобы при двух государях правила женщина, к тому же незамужняя девица, но здесь вообще всё было внове. «Третье» государство вступало в период агонии.
Однако истинной властью Софья пока не обладала. В Москве хозяйничала «надворная пехота», эти новоявленные янычары, а ими командовал Иван Хованский. Столкновение между военным диктатором и царевной было неизбежным. В этой борьбе Софья выказала недюжинное искусство.
Силу характера она продемонстрировала во время первого же серьезного кризиса, который не заставил себя ждать.
Когда зашаталась царская власть, покачнулся и авторитет государственной церкви. Патриарх и духовенство никак не смогли воспрепятствовать мятежу, во время убийств 15 мая патриарха самого чуть не затоптали.
Немедленно подняли голову сторонники раскола, которых среди стрельцов было много. По городу бродили проповедники, запрещали креститься тремя перстами. Главным оратором был лишенный сана поп Никита Добрынин, которого враги обзывали Пустосвятом (под этим именем он и известен в истории). Собирались толпы, требовали провести перед царями всенародное прение (публичный диспут) о том, какая вера правильнее. За всем этим, по-видимому, стоял Хованский, который изображал из себя защитника староверия и при победе Пустосвята должен был сильно укрепить свое положение.
5 июля Никита Пустосвят в сопровождении огромной толпы явился в Кремль. Первым успехом Софьи было то, что диспут устроили не на площади, на виду у толпы, а в Грановитой палате. В качестве предлога сослались на то, что царевне перед народом показываться зазорно. Хованский попробовал уговорить Софью не присутствовать на дискуссии, пугая тем, что ворвется народ и всех перебьет. Царевна отвечала, что готова за святую церковь положить голову.