Важно отметить, что некоммерческие организации не относятся к организациям-крупнейшим налогоплательщикам.
Приказом ФНС России от 16 мая 2007 г. № ММ-3-06/308@ определено, что организация относится к категории крупнейших налогоплательщиков по показателям финансово-экономической деятельности за любой год из предшествующих трех лет, не считая последнего отчетного года, и сохраняет данный статус в течение трех лет, следующих за годом, в котором она перестала удовлетворять установленным критериям. При реорганизации крупнейшего налогоплательщика организация (организации), образовавшаяся в результате реорганизации, сохраняет статус крупнейшего налогоплательщика в течение трех лет, включая год реорганизации.
Относительно качественного критерия – взаимозависимости между организациями – налоговым законодательством определено[10], что организации, отношения с которыми могут в соответствии со ст. 20 части первой НК РФ оказывать влияние на условия или экономические результаты основного вида деятельности организации (крупнейшего налогоплательщика), а именно – одна организация непосредственно и (или) косвенно участвует в другой организации, и суммарная доля такого участия составляет более 20 %, относятся к категории крупнейших налогоплательщиков и подлежат администрированию на уровне, соответствующем уровню администрирования взаимозависимого с ними крупнейшего налогоплательщика.
Крупнейшие налогоплательщики федерального уровня администрируются специализированными по отраслевому принципу межрегиональными инспекциями ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам.
Крупнейшие налогоплательщики регионального уровня администрируются межрайонными инспекциями ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, которые созданы в структуре управлений ФНС России по субъектам Российской Федерации.
Крупнейшие налогоплательщики, подлежащие налоговому администрированию на федеральном уровне, до постановки на учет в межрегиональной инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, подлежат налоговому администрированию в межрайонной инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, а в случае отсутствия таковой – в налоговом органе по месту нахождения крупнейшего налогоплательщика с возложением функций контроля над его налоговым администрированием на управление ФНС России по субъектам Российской Федерации.
Организации, подлежащие налоговому администрированию на региональном уровне, расположенные в субъектах Российской Федерации, на территории которых не предусмотрено создание межрайонных инспекций ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, подлежат налоговому администрированию в налоговом органе по месту нахождения крупнейшего налогоплательщика с возложением контроля над его налоговым администрированием на управление ФНС России по субъектам Российской Федерации.