Крупнейшие налогоплательщики, подлежащие налоговому администрированию на федеральном или региональном уровне, полномочия по управлению делами которых переданы ликвидационной комиссии либо в отношении которых применяется процедура конкурсного управления, не подлежат переводу на учет в межрегиональные (межрайонные) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам.
Постановка на учет крупнейшего налогоплательщика осуществляется в межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, к компетенции которой отнесен налоговый контроль над соблюдением данным крупнейшим налогоплательщиком законодательства о налогах и сборах. Постановка на учет крупнейших налогоплательщиков осуществляется в соответствии с графиками перевода крупнейших налогоплательщиков, подготавливаемыми управлениями ФНС России по субъектам РФ и межрегиональными инспекциями ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам и утверждаемыми ФНС России.
Процедура постановки на учет крупнейшего налогоплательщика в указанной инспекции начинается с запроса межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам у инспекции ФНС России, в которой крупнейший налогоплательщик состоит на учете по месту своего нахождения, заверенных в установленном порядке копий документов, содержащихся в учетном деле крупнейшего налогоплательщика, а также документов по налоговому контролю и лицевых счетов.
Межрегиональная (межрайонная) инспекция ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам после получения документов от инспекции ФНС России по месту нахождения организации направляет заказным письмом с уведомлением крупнейшему налогоплательщику уведомление о постановке на учет в налоговом органе в качестве крупнейшего налогоплательщика по форме, утвержденной приказом ФНС России от 26 апреля 2005 г. № САЭ-3-09/178[11].
Таким образом, обязанности по учету крупнейших налогоплательщиков, включая обязанность по информированию о постановке их на учет в качестве таковых, возлагаются на налоговые органы без участия налогоплательщиков и не влекут для них неблагоприятные имущественные последствия или нарушение их прав.
Налоговый кодекс предусматривает также механизм, позволяющий минимизировать издержки, связанные с осуществлением налогового контроля: налогоплательщики вправе представлять налоговые декларации по почте и в электронном виде по телекоммуникационным каналам связи (п. 3 ст. 80 НК РФ); при осуществлении учета крупнейших налогоплательщиков сохраняются гарантии, предусмотренные в рамках налогового контроля, такие как ограничение продолжительности проверяемого периода (часть первая ст. 87 НК РФ), запрет повторности выездной налоговой проверки в течение определенного периода, вне зависимости от статуса налогового органа, проводившего первоначальную налоговую проверку, и предельные сроки глубины налоговой проверки (часть вторая ст. 89 НК РФ)