Сохранить болезнь царя в тайне не удалось, а посему в Москве поднялась большая тревога. Знать спешно собралась на Боярскую думу. Борис приказал отнести его на носилках из дворца в церковь, дабы показать народу, что он еще жив. Москва на какое-то время угомонилась, но не угомонились бояре, и в первую очередь бояре Романовы. Предрекая близкую кончину Бориса, они, ближайшие родственники, двоюродные братья последнего царя из династии Калиты, начали готовиться к захвату трона, собрав на своем подворье многочисленную вооруженную свиту. Царевич Федор Годунов ими в расчет не брался, ибо наследник имел совсем мало шансов удержать трон после смерти отца.
Дело принимало трагический оборот. По дворцу испустился слух: царя «испортили». Начали искать, кто «испортил».
Царица Мария Григорьевна исходила гневом. Пока супруг лежал на одре, она взяла бразды правления в свои руки.
— То дело злокорыстных бояр. Это они умыслили извести царя! Сыскать и наказать нещадно!
В царице Марии взыграла кровь Малюты Скуратова. Она указывала то на одного, то на другого боярина, однако думный дьяк Афанасий Власьев, любимец Годунова, предостерег:
— Дабы взять бояр за пристава, надобны нешуточные улики. Надо обождать, когда великий государь на ноги встанет.
Борис Федорович, пока лежал на одре, передумал многое, его мысли нашли неожиданное воплощение.
Дьявол, говорит летописец, вложил Борису мысль все знать, что ни делается в Московском государстве. Думал, как бы и от кого все изведать, и остановился на том, что кроме боярских холопов, изведать больше не от кого. С кого начать? Да, пожалуй, с князя Федора Шестунова, доброхота бояр Романовых.
Тайные соглядатаи Годунова вышли на словоохотливого холопа Воинку. Тот поведал, что князь Федор Дмитриевич Шестунов частенько наведывается к Романовым, никак чего-то оба замышляют, но чего — холоп толком не знает. Но этого Годунову было достаточно, дабы положить начало доносам. Шестунова пока оставили в покое, а Воинку выставили перед Челобитным приказом на площади и перед всем честным народом огласили его службу и раденье, объявив, что царь жалует ему поместье, и велит ему служить в детях боярских.
И что тут началось! «Это поощрение произвело страшное действие: холопы начали умышлять всякое зло над своими господами». Сговаривались по пять-шесть человек, из коих один шел доносить, другие становились послухами.
И вновь посыпались от царя деньги и поместья, еще больше расширяя круг доносчиков. Клеветали друг на друга попы, чернецы, пономари, просвирни, даже жены на мужей, дети — на отцов. Потомки Рюрика наушничали друг на друга, причем мужчины доносили царю, женщины — царице. «И в этих окаянных доносах много крови пролилось неповинной, многие от пыток померли, других казнили, иных по тюрьмам разослали — ни при одном государе таких бед никто не видел».