Подан был донос и на Романовых, чего особенно жаждал Борис Годунов. Дворовый человек боярина Александра Никитича, Вторашка Бартенев, тайно явился к дворецкому Семену Годунову и объявил, что готов исполнить царскую волю над своим господином.
Семен Годунов подумал и приказал:
— Надо набрать в мешок разных кореньев и положить их в чулан Александра Романова.
Вторашка так и сделал, а затем вновь явился во дворец и доложил, что у его господина припасено на государя отравное зелье. Годунов немедля послал окольничего Салтыкова обыскать хоромы Романова. Тот нашел мешок и доставил его на двор к патриарху Иову.
Святейший повелел кликать народ, перед коим высыпали коренья из мешка. Тотчас приказали привести всех Романовых. Но не тут-то было: бояре со двора не вышли и сказывали, что никаких кореньев и в глаза не видывали. Но обличитель неизменно толковал:
— Боярин Александр Романов, сговорившись с братьями, заготовили отравное зелье. Помышляли царя извести!
Годунов приказал взять Романовых «за пристава», но силы, собранные боярами, были столь значительны, что у стен подворья Романовых произошло настоящее сражение. В польском дневнике от 26 октября 1600 года было написано: «Этой ночью его сиятельство канцлер сам слышал, а мы из нашего двора видели, как несколько сот стрельцов вышли ночью из замка с горящими факелами, и слышали, как они открыли пальбу, что нас испугало… Дом, в котором жили Романовы был подожжен, некоторых он (Борис) убил, некоторых арестовал и забрал с собой».
Боярская свита оказала стрельцам отчаянное сопротивление. Иван Грозный в таких случаях подвергал дворню поголовному истреблению, но Борис Годунов казнил лишь ближних слуг, самих же бояр предал опале.
Федора Никитича Романова, «человека видного, красивого, ловкого, чрезвычайно любимого народом» постригли и под именем Филарета сослали в Антониев-Сийский монастырь. Жену его Аксинью Ивановну также насильственно постригли и под именем Марфы сослали в далекое Заонежье — Толвуйский погост. Александра Никитича — в Усолье-Луду, к Белому морю; Михайлу Никитича — в Пермь, в Ныробскую волость; Ивана Никитича — в Пелым; Василия Никитича — в Яренск; мужа сестры их, князя Бориса Черкасского, с детьми Федора Никитича, пятилетним Михаилом и маленькой сестрой Татьяной, с их теткой Настасьей Никитичной, с женой Александра Никитича — на Белоозеро; князя Ивана Черкасского — в Малмыж, на Вятку; князя Ивана Сицкого — в Кожеозерский монастырь; других Сицких, Шестуновых, Репниных и Карповых разослали по разным дальним городам. Но только двое из братьев Романовых, Филарет и Иван, пережили свою опалу.