Поскольку Федор был не силен в делах государственных, его отец наказал приближенным, коих имена называются различные, приглядывать за слабоумным царевичем, а затем царем. Едва царь Иван умер, бояре решили избавиться от второго возможного наследника, царевича Дмитрия; он, конечно, был еще мал, но когда вырастет, вполне может захотеть и сменить своего придурковатого братца на троне российском, а не он захочет, так родня его, бояре Нагие (Мария Федоровна, седьмая жена Ивана Грозного, родила тому сына; на момент смерти отца Дмитрию исполнилось два года). Эта перспектива никому не нравилась: одно дело — самим управлять огромным государством от имени Федора, а другое — передать управление в руки молодого царя и его родни.
Подумано — сделано: Нагие были обвинены в государственной измене и схвачены, кто казнен, кто заточен в отдаленные монастыри и темницы, чтобы неповадно было. Сам царевич вместе с матерью и дедом, ее отцом, был отослан в свое удельное княжество, Углич; Богдан Бельский, поднявший смуту в пользу малолетнего Дмитрия, был арестован в Москве. Чтобы деяние против Дмитрия и его семейства осталось шито-крыто, Бельского, кроме прочего, обвинили в отравлении царя Ивана и в покушении на бояр Годуновых и пр.; против мнимого цареубийцы поднялся весь народ московский.
После смерти одного из бояр, кому Иван IV поручил практически регентство при неспособном Федоре, Никиты Романовича Юрьева, большую силу стал приобретать Борис Годунов, став фактическим правителем; в этом ему помогала супруга царя и его сестра Ирина, умевшая воздействовать на мужа и окружающих его людей. Против него выступили Мстиславские, вначале оказавшие Борису поддержку; князь Иван Мстиславский, сначала назвав Годунова сыном себе, затем согласился принять участие в его убийстве. За то князя Ивана Мстиславского схватили и упекли в монастырь, а его споспешников кого сослали, кого заточили.
С Шуйскими, которые на рожон не лезли, Борису пришлось идти на компромисс: они были большой силой (за родом Шуйских стоял весь торговый люд) и никогда не действовали напрямую. Они выискали верный способ сломать власть Бориса Годунова, действуя через его сестру царицу Ирину: она была бесплодна, и по замышлению Шуйских народ бил челом к государю Федору, чтобы тот развелся да вновь женился, иначе Россия останется без законного наследника и опять жди смуты. Борис Федорович Шуйских-то открыто тронуть не мог, но купцов, открыто высказывавших сожаления, что князь Иван Петрович с Борисом-правителем примирился, упек незнамо куда. Дело с разводом так и не дошло до Федора, а на противников своих Борис осерчал сильно. Вскоре после этого случая они были обвинены в измене (якобы подговаривали купцов на лихое дело против царя и правителя), арестованы и отданы под следствие в духе Ивана Грозного. После пыток и дознания Иван Петрович и двоюродный брат его Андрей Шуйский были высланы в отдаленные имения и затем там убиты.