Увидев, что от Годунова ждать правды и государству защиты не приходится, ополчились на него митрополит Дионисий, бывший примирителем в деле между Шуйскими и Борисом Федоровичем, и архиепископ Крутицкий Варлаам. Они обратились прямо к царю Федору, прося у него защиты для невиновных бояр, но тот если и слушал кого, то только правителя Бориса Годунова: по оговору его пастыри были отправлены в отдаленные монастыри, а на место митрополичье Борис Годунов посадил своего человека, ростовского архиепископа Иова. Теперь царский конюший и ближний великий боярин, наместник царства Казанского и Астраханского Годунов обрел полновластие: к нему обращались посольства иноземные, а богатства его семьи были поистине огромны (до 93 тысяч годового дохода!).
Пришло время Годунову остановиться и подумать: власть его была велика, превыше государевой, но не имела продолжения. После смерти Федора Ивановича власть должна была бы перейти к его потомству, и тогда при сыне Федора и сестры своей Ирины он мог остаться регентом и не терять завоеванного положения. Но, к несчастью для Бориса Федоровича, сына у нынешнего царя не было, поэтому единственным наследником престола оставался сводный брат царя Дмитрий, живший в своем уделе, в Угличе. При нем власть в стране захватил бы клан бояр Нагих, родственников Дмитрия по матери, и лучшее, что ждало бы Бориса Годунова, участвовавшего в ссылке царевича в отдаленный уезд, — это опала. Мы предположительно можем себе представить, какие мысли поселились в голове Годунова, и слух о гибели Дмитрия от убийц является логическим и вполне ожидаемым.
Эта горькая весть распространилась по Руси в мае 1591 г. Виновником смерти царевича досужие языки сразу сделали Годунова. Говорили, что он подсылал к юному Дмитрию Ивановичу отравителей, но это не подействовало. Тогда он собрал совет из своих приближенных, где решили: нужно подослать наемных убийц. Назывались и их имена — Владимир Загряжский и Никифор Чепчюгов, которые, как говорила молва, не пошли на такой грех, как убийство отрока, да еще и брата царева; отказались. Тогда отыскался рьяный исполнитель задуманного — дьяк Михаил Битяговский, который и отправился в Углич. Царица Мария словно почувствовала, что сыну грозит злая беда; как только Битяговский и компания прибыли в Углич, она ни на шаг не отпускала от себя Дмитрия. Может, и уберегла бы царевича, но в заговоре с подосланными убийцами была нянька Дмитрия Василиса Волохова; 15 мая пополудни она вывела Дмитрия во двор терема погулять, где ждали тати. Один из них, Осип Волохов, заговорил с царевичем и вынул нож, но не успел перерезать горло: ребенок вывернулся от него и убежал бы, но упал. Кормилица пыталась его защитить, закрыв собой, но Битяговский отнял Дмитрия (кормилицу убийцы забили почти до смерти) и заколол кинжалом. Звонарь, с колокольни видевший преступление, начал созывать народ колокольным звоном. Убийц захватили на месте и покарали разгневанные люди, а к царю Федору послали вестника. Борис Годунов перехватил его и подменил грамоты: вроде бы царевич не убит был, а сам порезался ножиком во время игры. В подменном письме Борис пытался скинуть вину на Нагих, которые не усмотрели за царевичем: по их оплошке погиб царский наследник. Царь же очень горевал о брате и плакал.