Поскольку Борис был фактическим правителем при безвольном Федоре Ивановиче, ему ничего не стоило подделать и результаты проведенного следствия: среди следователей были его приближенные и те, кто так или иначе зависел от его власти. Первым, кого следователи расспросили по приезде в Углич, был сторонник Бориса Русин Раков, по должности городовой приказчик. Тот и обвинил Нагих в смерти Дмитрия Ивановича, а уж потом на основе его слов следователи допрашивали Нагих, считая, очевидно, что вина их доказана. Поговаривали, что Дмитрий страдал приступами падучей, т. е. эпилепсии; тогда вины ничьей в его смерти нет, кроме ближних родичей, кормилицы да нянек, которые не уберегли: мальчик играл с дворней в ножички и упал на острие во время припадка. Так говорил Андрей Нагой, брат царицы. По ходу следствия выяснилось, что первой об убийстве крик подняла царица Мария, которая звала братьев на помощь и обвиняла Битяговского со товарищи. Никто не видел, как зарезали Дмитрия. Следователи расспросили всех, кого отыскали: тот, кто звонил в колокол, пономарь по прозванию Огурец, тоже ничего не видел и не со страху звонить кинулся, увидев убийство, а по приказу царицы Марии. Следствие зашло в тупик и не собиралось из него выбираться; ему, очевидно, нужны были сведения, подтверждавшие, что смерть царевича была случайностью, а уж Нагие виновны в этой случайности и в том, что желали на царского великого боярина Бориса Годунова все списать. Они записывали показания, которые тут же опровергались другими, и не искали проверки и подтверждения сомнительным словам допрашиваемых.
Чтобы никто более не болтал о событиях в Угличе, всех Нагих сослали по дальним тюрьмам, царицу Марию постригли в монахини, а свидетелей убивали, пытали и ссылали в отдаленные уголки не обжитой еще Сибири (большая часть поселилась в Пелыме, который в XVIII в. становится местом заключения родовитых господ, участников дворцовых заговоров).
Был ли Дмитрий Угличский убит по приказу Бориса Годунова? Этот вопрос до сих пор остается одним из белых пятен отечественной истории. Мы знаем только, что потомки с готовностью приняли кровавую версию событий, предложенную XVI столетием. С одной стороны, так вполне могло быть, но, с другой, мы знаем, что многие беды того времени были огульно списаны на Бориса Годунова, которого потом обвинили во всех смертных грехах, в том числе и в отравлении царя Ивана Грозного. С. М. Соловьев писал: «Собор обвинил Нагих; но в народе винили Бориса, а народ памятлив и любит с событием, особенно его поразившим, соединять и все другие важные события… погиб ребенок невинный, погиб не в усобице, не за вину отца, не по приказу государеву, погиб от подданного»