Война манифестов, решительные действия российских войск и проведенные по указу Петра выборы нового гетмана — Ивана Скоропадского — вызвали раскол в рядах мазепинцев. Старшин, еще недавно горячих приверженцев союза с Карлом XII, ужасали те кары, которыми грозила им Россия, и они стали вести двойную игру, а то и просто возвращались под российские знамена. Среди простых казаков, мещан и крестьян прошведская ориентация отклика почти не находила. Народ предпочитал православного монарха, а не мусульманина, католика или, в этом случае, лютеранина. Когда настало время генерального сражения между Карлом XII и Петром I, в рядах войска последнего украинских казаков оказалось больше.
В начале июля 1709 года на равнине у Полтавы шведской армии в 25 тысяч человек противостояла российская, превосходившая ее вдвое. Казацкие отряды с обеих сторон были на положении вспомогательных — признак не только определенного недоверия со стороны и короля, и царя, но и невысоких боевых качеств на фоне регулярных европейских полков. Времена, когда украинцы дрались с такими на равных, миновали. Мазепа вел за собой от 3 до 7 тысяч, на стороне же Петра казаков, по разным оценкам, насчитывалось от 10 до 20 тысяч. Карл не боялся превосходящих сил противника — он уже бил огромные русские и польские соединения. Но не в этот раз. Зима, проведенная в суровых условиях Украины, изнурила шведов. Короля, который обычно вдохновлял солдат личным примером, ранили накануне битвы, и он передал командование не одному, а нескольким генералам — это затруднило управление частями.
Итог известен: полная победа русского оружия. Королю и гетману пришлось бежать в Молдавию, под защиту турок. Мазепа умер на чужбине, в Бендерах, осенью 1709 года. Карл вернулся на родину только через пять лет. Историки часто рассматривают Полтавскую битву как переломный момент в Северной войне. По прихоти фатума, исход борьбы за господство на Балтике решило сражение на берегах Ворсклы — гегемония Швеции в Северной Европе была подорвана, перед Россией открылась дорога к статусу великой державы. Но более всего Полтавская битва отразилась на судьбе той страны, где она произошла, — Украины.
Триумф России знаменовал новую эру в отношениях киевского духовенства и государственной власти. Осенью 1708 года Петр вынудил киевского митрополита отлучить Мазепу от церкви и предать анафеме как изменника. После Полтавской битвы Феофан Прокопович, ректор Киевской академии, который не так давно сравнивал гетмана с князем Владимиром, в присутствии царя произнес многословную филиппику против бывшего благодетеля. Гетман назвал бы иерарха предателем, зато царь услышал клятву верности. Вскоре Прокопович станет главным идеологом петровских реформ, благословит укрепление абсолютной монархии и обоснует право царя назначать наследником кого угодно, а не только первенца. Петр замучил в тюрьме старшего сына — непокорного Алексея, не предвидя, что вскоре умрет и младший (Петр, от будущей Екатерины I). Феофан, уже епископ, был главным автором “Духовного регламента”, которым оправдывал упразднение патриаршества и замену его Священным Синодом, где фактическая власть принадлежала светскому обер-прокурору. Ему же пришло на ум назвать Петра отцом отечества — этот древнеримский эпитет в России внедрили именно киевские духовные лица, те самые, что немного раньше славили таким образом Ивана Мазепу.