Александру оставалось гадать, с каким из отступающих отрядов ушел Дарий. Между тем македонский воин Полистрат, почувствовав жажду, отправился к ручью на равнине и увидел одинокую повозку без возницы. Из повозки он услышал стоны умирающего и, движимый любопытством, заглянул во внутреннюю часть повозки. Там на полу в цепях лежал Дарий в окровавленной царской мантии, и около него был только его верный пес. Царь слабым голосом попросил воды, и Полистрат принес ее в шлеме. Схватив македонца за руку, Дарий поблагодарил небо за то, что не умер в одиночестве. Это были его последние слова.
Когда Александр увидел труп своего врага, погибшего при таких обстоятельствах, он был искренне и глубоко огорчен. Он укрыл тело собственным плащом, велел отвезти его в Персеполис и похоронить с царскими почестями. Со смертью Дария у Александра не осталось никаких препятствий, чтобы объявить себя великим царем, и в Родосской надписи 330 года он именуется «Повелителем, господином Азии» — то есть Персидской империи.
Однако война еще не кончилась. Население Бактрии и Согдианы, двух северных сатрапий, добровольно вошедших в союз с Персидской империей, все еще намеревалось бороться за свою независимость. Перейдя горы Эльбрус и пройдя в Каспий, Александр захватил город Задракарты в Гиркании и принял капитуляцию группы сатрапов и персидской знати; некоторых из них он оставил управлять городами и провинциями. Отклонившись во время этого похода на запад, он частично уничтожил, частично покорил мардов. Потом в Гиркании к югу от Каспийског о моря принял капитуляцию греческих наемников Дария. Теперь ничто не мешало ему стремительно двигаться на восток. В Ариане он учинил резню за то, что арии сначала сдались, но затем по наущению своего сатрапа Сатибарзана взялись за оружие. Сатибарзан бежал. Здесь, в этих землях, Александр основал еще один город — Александрию Арианскую (ныне Герат).
Военные успехи были очевидны, но во внутренней политике дела Александра обстояли не столь безупречно. Его идея смешения азиатских и европейских народов не вызывала понимания среди воинов, и он скоро столкнулся с заговорами среди своих офицеров и непосредственного окружения. Находясь в Дрангианс, в Фарахе, Александр получил известие о заговоре Филоты, сына Пармениона. Здесь он решился пойти на крайние меры, уничтожив Пармениона и его семью. Филота, командир элитарной конницы «друзей» — гетайров, был замешан в заговоре против жизни Александра, осужден армией и казнен. А Клеандр, заместитель Пармениона, получил тайный приказ убить своего командира. Эта жестокость навела много страха на всех противников политики Александра, но укрепила его положение среди сторонников. Люди, близкие Александру, получили повышение. Конница гетайров была реорганизована и разбита на два отряда по четыре гиппархии в каждом. Одной частью командовал старый друг Александра Гефестион, другой — Клит Черный, младший брат кормилицы Александра, спасшего ему жизнь при Гранике. Впрочем, и возвышение Клита было недолгим: вскоре в пьяном скандале Александр убил его. Фактически, Александр часто выступал теперь в роли тирана — именно в той роли, в какой его видели историки более поздних столетий. Однако офицеры и рядовые воины армии Александра следовали за ним не из страха, а из преданности.