Гольдфарб также верит, что к взрывам в Москве и Волгодонске Березовский не был причастен и не знал об их подготовке. Как раз осознание, пусть и с опозданием, того, что взрывы устроил Путин и ФСБ, будто бы привело к углублению их разрыва. Гольдфарб склоняется к версии о причастности ФСБ к взрывам в Москве и Волгодонске, считая сильнейшим аргументом в пользу этого историю с «рязанскими учениями», когда обнаружение мешков с гексагеном в Рязани было объяснено проводимыми ФСБ антитеррористическими учениями, но не считает ее доказанной и сомневается, что ее безусловные доказательства когда-либо будут найдены. Просто все другие версии обнаруживают еще больше логических противоречий. И если версия с ФСБ верна, то приходится допустить, что при главе ФСБ должна существовать какая-то команда отморозков, готовых, пусть и руками северокавказских ваххабитов, взрывать сотни своих сограждан.
В 2000 году после катастрофы с подлодкой «Курск» и неправильного, с точки зрения Кремля, освещения этого сюжета на подконтрольном Березовскому ОРТ, Борис Абрамович рассорился с Путиным и, после возбуждения против него дела по поводу хищения средств в компании «Аэрофлот», в 2001 году вынужден был эмигрировать в Англию. 1 ноября 2000 года было объявлено о намерении прокуратуры повторно предъявить Березовскому обвинение в хищении государственных средств в рамках дела «Аэрофлота». Березовский, находившийся в тот момент за границей, принял решение не возвращаться в Россию. Очевидно, заявление Генпрокуратуры именно на такую реакцию и было рассчитано.
20 сентября 2001 года Березовского объявили в федеральный розыск и предъявили заочное обвинение по одному из эпизодов, выделенных из дела «Аэрофлота», по трём пунктам: «пособничество в мошенничестве», «невозвращение из-за границы валютной выручки» и «отмывание денег».
В Лондоне Березовский вел борьбу против Путина, обвинял его во взрыве домов в Москве и Волгодонске в 1999 году и создал Фонд гражданских свобод, финансировавший российскую оппозицию. 10 сентября 2003 года Борис Абрамович получил политическое убежище в Англии. Ему был предоставлен паспорт на имя Платона Еленина. Такую фамилию он взял в честь своей тогдашней жены Елены.
О том, как произошла ссора Березовского и Путина, рассказал в своей книге «Смерть диссидента» Александр Гольдфарб: «Для Путина авария “Курска” обернулась пиар-катастрофой. День за днем после того, как лодка затонула, ОРТ и НТВ показывали холодные волны, семьи моряков на берегу, перемежая это кадрами, на которых Путин катается на водных лыжах и наслаждается шашлыком на даче в Сочи…