План выступления в Петрограде должен был возглавить полковник Люндеквист и адмирал Бахирев. План предусматривал захват административных зданий, телеграфа, телефона, а также стоявшего на рейде военного корабля «Севастополь». Было сформировано даже правительство, возглавить которое согласился профессор Петербургского технологического института А. Быков. Однако в самой идеальной ситуации они могли рассчитывать не более чем на 400 участников выступления. Основная надежда возлагалась на удачное наступление Юденича. Однако его войска были отброшены от Петрограда. Чекисты в очередной раз переиграли противника. Ключевые фигуры заговора были арестованы, кроме Поля Дюкса, которому удалось сбежать за границу.
ВЧК задумывалась и создавалась как общегосударственный орган, но до переезда в Москву ее деятельность ограничивалась лишь Петроградом и Петроградской губернией. Во многих регионах России необходимости в территориальных органах ВЧК тогда не было, так как с задачами подавления контрреволюционных выступлений вполне справлялись отряды Красной гвардии и рабочей милиции. Рассматриваемый период совпал с наступлением немецких войск. Поэтому 18 марта 1918 года ВЧК обратилась к губернским и уездным Советам с предложением организовать в регионах чрезвычайные комиссии для борьбы с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности. Жесткой централизации не было: чекистские подразделения действовали как исполнительные органы местных Советов. В целях централизации деятельности по защите интересов государственной безопасности, ВЧК рекомендовала губернским Советам создавать однотипные органы, состоящие из следственной комиссии, секретной части и двух отделов по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией. 11–14 июня 1918 года ВЧК провела в Москве 1-ю Всероссийскую конференцию чрезвычайных комиссий, в которой приняли участие делегаты от 40 губернских и 365 уездных ЧК. Делегаты приняли два обязательных для исполнения документа: «Основные положения организации чрезвычайных комиссий» и «Положение о чрезвычайных комиссиях на местах». Положения вводили принцип централизации и единую структуру местных ЧК, определяли их состав, функции и права.
В структуру ВЧК в этот период входили: Президиум ВЧК; отделы Иностранный, Контрреволюционный, Спекулятивный, Преступления по должности; Военный штаб; вспомогательные отделы: Хозяйственный (денежное и провиантское довольствие), Комендантский (охрана зданий ВЧК, справочное бюро для населения) и Автомобильный. 28 октября 1918 года утвердил ВЦИК «Положение о ВЧК и местных чрезвычайных комиссиях», расширяющее штат органов ВЧК. Новое положение, вводившее единство организационных и правовых принципов, обсудили делегаты 2-й Всероссийской конференции чрезвычайных комиссий 26–30 ноября в Москве. ВЧК объявлялась центральным органом, объединявшим деятельность местных чрезвычайных комиссий и ведущим непосредственную борьбу с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности на всей территории РСФСР. Свою работу она должна согласовывать с Наркоматом внутренних дел и Наркоматом юстиции. 28 октября 1918 года на базе отдела по борьбе с контрреволюцией был образован Секретно-оперативный отдел ВЧК. 23 декабря 1918 года он был разделен на Секретный и Оперативный отделы ВЧК. Они по заявкам других отделов производили обыски, аресты, устраивали засады. В январе 1919 года Иногородний отдел ВЧК был реорганизован в Инструкторский отдел ВЧК. Он обеспечивал связь с местными ЧК. Для борьбы с контрреволюцией в промышленности и обработки экономической информации 30 сентября Коллегия ВЧК приняла решение о создании Специального отдела ВЧК. Им руководил Тер-Габриелян, бывший председатель ЧК Бакинской коммуны.