В ночь на 29 августа ВЧК арестовала лидеров «Национального центра» — бывшего члена Государственной думы III и IV созывов, крупного домовладельца Н. Щепкина, супругов Алферовых, содержавших конспиративный пункт организации. В ходе обысков были изъяты шифрованные и нешифрованные записи, средства тайнописи, фотопленки. Документы содержали информацию о планах отдельных войсковых частей и соединений Красной Армии, сведения о технической оснащенности и фронтовых складах, характеристики укрепленных районов. Уже в сентябре ВЧК арестовало руководящее звено «Национального центра», в том числе генерала М. Стогова, возглавлявшего Штаб добровольческой армии Московского района и генерала С. Кузнецова — руководителя оперативного отдела Главного штаба Красной Армии. Чекисты арестовали около 700 контрреволюционеров и разоружили курсантов училищ, на которых делали ставку заговорщики.
«Национальный центр» в Москве прекратил свое существование. Однако в Петрограде активизировались оставшиеся на свободе члены Петроградского отделения «Национального центра». Пик активности пришелся на октябрь 1919 года, когда войска генерала Н. Н. Юденича второй раз подошли к городу.
Второго октября 1919 года сотрудникам ВЧК удалось задержать курьера, который направлялся в расположение белогвардейских войск со шпионскими материалами, 4 ноября — еще одного курьера. Показания задержанных позволили чекистам выйти на начальника воздушного дивизиона Балтийского флота Б. Берга, от которого секретные сведения поступали к противнику. Берг сразу же признался, что он «главный агент английской и белой контрразведки инструкции получаю от разведочной конторы в Стокгольме, военного совета в Лондоне… Моими обязанностями были военная морская контрразведка и общие политические… сведения, которые я доставлял раз в неделю».
Чекистам удалось установить остальных участников «Национального центра» не выявленных ранее при ликвидации группы Штейнингера, а также связанную с «Центром» военную организацию, в которую входил ряд высокопоставленных офицеров и генералов, занимавших ответственные посты в Красной Армии: адмирал М. Бахарев, полковник Люндеквист, начальник сухопутного отдела штаба Балтийского флота полковник В. Медиокритский, начальник воздушной обороны Петрограда С. Лишин, начальник воздушного отряда Ораниенбаумского дивизиона В. Еремин, начальник оперативного отдела штаба флота Эриксон и др. Это был несомненный успех советской контрразведки, тем более что в «Национальный центр» входили не только кадровые офицеры, но и профессиональные разведчики, в частности, агент английской секретной службы «Интеллидженс сервис» Поль Дюкс, действовавший в России еще со времен царизма. Он не только передавал заговорщикам свои профессиональные знания и навыки, но и оказывал материальную поддержку организации. Параллельно он активно занимался шпионажем в пользу Англии.