В другом упражнении ниндзя должен был перепрыгивать через раскачиваемую веревку или бревно. Причем веревка была изготовлена из колючих лиан, ранивших при малейшем прикосновении. Меняя ритм раскачивания, ниндзя тренировал ловкость и прыгучесть, позволявшие ему остаться на ногах в случае неожиданного появления на его пути препятствия или попадания в ловушку.
Обязательным разделом для ниндзя было также умение плавать. В большинстве районов Японии много рек и озер, и умение преодолевать их, использовать для перемещений и подкрадывания, было жизненно важным навыком. Кроме того, плавание способствовало гармоничному развитию и укреплению тела. Ниндзя также отрабатывал специальные навыки ведения поединка в воде. Он должен был не только уметь плавать, но и подолгу находиться под водой. Из некоторых источников явствует, что ниндзя мог оставаться под водой до 5 минут, не используя при этом специальных приспособлений типа дыхательных трубок или кожаного мешка, наполненного воздухом. Если учесть, что современные искатели жемчуга спускаются на большую глубину и остаются при этом физически активными около 3 минут, то вполне правдоподобно, что на глубине немногим более двух метров человек, лежа неподвижно на дне, мог оставаться под водой значительно более длительное время.
Особое внимание уделялось постановке правильного дыхания, являющегося не только залогом выносливости, но и позволяющего управлять внутренней энергией тела — ки.
Ниндзя достигали высочайших результатов в стайерском и спринтерском беге. Сайко Фудзита, являющийся мастером нин-дзютсу школы Кога-рю, утверждает, что существовали ниндзя, способные преодолеть расстояние между Эдо (нынешнее Токио) и Осака (около 560 км) всего за три дня. Это мало похоже на правду, но мастер Хатсуми свидетельствует, что для хорошо подготовленного ниндзя марш-бросок в 110 км за один день не такая уж невыполнимая задача (вспомним факт, подтвержденный историческими источниками: армия Александра Македонского преодолевала за один день до 110 км). Считалось, что ниндзя овладел спринтом, если соломенная шляпа, положенная на его грудь, при беге удерживалась на груди потоком встречного воздуха. Быстрый бег позволял передавать информацию на большие расстояния, уходить от преследователей, беря их измором или отрываясь от них мощным рывком.
Выносливость достигалась следующим образом: ниндзя подвешивался на руках за ветку высокого дерева. Время упражнения постепенно увеличивалось по мере укрепления мышц и связок. Подготовленный ниндзя мог провисеть в таком положении около 1 часа.