Работа с точками энергетических меридианов велась с раннего возраста. Знание важнейших точек и умелое обращение с ними позволяло избавляться от многих болезней и травм, полученных ниндзя во время его опасной деятельности.
Ночной воин целенаправленно занимался закалкой своего организма, позволявшей ему переносить холод и жару, переутомление и истощение, пытки и боль от ран.
Легендарной была стойкость ниндзя при пытках, которым он подвергался, попав в плен к неприятелю. Изощренные восточные методы пыток (например, сдирание кожи или обваривание кипятком) были для ниндзя самым серьезным испытанием. И требовали от него, кроме железной воли, еще и постоянных упражнений для повышения порога болевой чувствительности. Воин-лазутчик постоянно развивал терпимость к ожогам, обморожению, порезам.
Высокий уровень физической подготовки и отличное состояние здоровья спасали при жестоких пытках, которым подвергались плененные ниндзя. Одна из таких пыток, получившая название «свинья», выглядела следующим образом: человеку просто отрезали руку, причем рана сразу заживлялась. Такая же участь ждала и все остальные конечности тела. После этого человека оставляли в живых. Перенести эти муки и не погибнуть в самом их начале способен был лишь человек отменного здоровья и с высокими физическими кондициями.
В юности ниндзя особым образом формировал свое тело. Когда кости были еще мягкими, суставы особенно подвижными, а связки эластичными и податливыми, ниндзя учился смещать суставы в нужном направлении. Эта способность позволяла ему освобождаться от связывающей его веревки, удлинять конечности, пролезать в узкие окна и ходы. Считалось, что если в дыру пролезает голова, то в нее может протиснуться и все тело.
Огромное внимание в подготовке «ночных демонов» уделялось прыжковой технике, позволявшей делать фантастически высокие и широкие прыжки. Тайный лазутчик часто должен был прыгать с одной крыши на другую, с дерева на дерево, преодолевать при бегстве овраги, каменные стены или изгороди. Фудзита утверждает, что ниндзя могли перепрыгивать препятствия высотой 7 футов (2,13 метра) — результат, который вызывает уважение даже у известных спортсменов-прыгунов современности. Способность к прыжкам развивалась с помощью специальной регулировки дыхания и тренировки мышц. Прыжки в длину через глубокие рвы и ловушки, подобные «волчьим ямам», учили их не бояться опасности жесткого падения с высоты и приучали к особой технике приземления не только на ноги, но и на руки с последующим подтягиванием.
Особой статьей было умение взбираться на вертикальную стену. Предварительно разогнавшись, ниндзя, сохраняя равновесие и используя инерционные силы, взбирался на стены высотой до 3 метров, чем обескураживал своих противников. Часто сразу же за этим он спрыгивал назад на землю и молниеносно поражал преследующего его врага.