Но всё дело сорвал очнувшийся Константинополь, где возмущение било через край. Патриарх со всем сонмом кинулся проклинать Цамблака, лишил его сана, доказывал неправомочность посольства и т. д. Предприимчивые литовские плагиаторы ставили под угрозу давно пестуемые греческие планы. Данный эпизод продемонстрировал, что проект «всея Руси» нужно неослабно держать в руках. На этот участок отрядили грека Исидора, которого в 1433 году «обкатали» на Базельском соборе, а через два года направили митрополитом в Москву. Исидор должен был добиться согласия великого князя Василия Васильевича на участие в готовящемся Ферраро-Флорентийском соборе, где планировалось поставить точку в воссоединении церквей. Изощрённый грек под клятвы о незыблемости православной веры сумел обосновать поездку на собор, правда, уже по прибытии в Юрьев (Дерпт) кланялся латинскому кресту и посетил костёл.
Одновременно из Константинополя в Феррару выехала представительная греческая делегация из семисот человек во главе с императором Иоанном ѴІІІ, константинопольским патриархом Иосифом и никейским архиепископом Виссарионом: корабли за ними были снаряжены папой. Операция по «сбыту» «всея Руси» уже в авторском исполнении наконец-то вступала в заключительную стадию. Причём в этом внушительном «православном десанте» серьёзная роль отводилась Московскому митрополиту Исидору. Наша страна была одним из ключевых ингредиентов греческого лакомства, поданного к папскому столу. Уния с соответствующей помпой провозглашена участниками собора в 1439 году. Незадолго до её подписания — то ли с горя, то ли с радости — скончался Константинопольский патриарх, зато перед отбытием из Италии и Виссариона, и Исидора возвели в кардиналы.
Возвращался Исидор неторопливо, подолгу задерживаясь в Кракове, в Вильно. За это время великий князь Василий Васильевич получил достаточную информацию о произошедшем. Новоявленный митрополит-кардинал в Кремле торжественно объявил об историческом акте, обязав при богослужении первым поминать папу Евгения ІѴ В ответ Исидора на третий день по возвращении объявили еретиком и арестовали. Но всё же наибольшее недоумение вызвало вероотступничество не Исидора — на его счёт никто уже иллюзий не строил, — а греческих верхов начиная с императора и патриарха. Причём император Иоанн ѴІІІ был тот самый жених скончавшейся в 1417 году дочери Василия Дмитриевича Анны. Репутация не только императора, но и византийской церкви была бесповоротно подорвана.
В сложившейся обстановке Василий Васильевич приступил к реализации давно заготовленного сценария по возведению в московские митрополиты епископа Ионы — уроженца Костромского края. Наступила ожидаемая полоса нескончаемых пререканий с Константинополем, не желавшим допускать Иону в митрополиты. Тут ещё из-под ареста бежал Исидор, объявившийся сначала в Польше, а затем в Риме. Тем не менее в 1448 году состоялось долгожданное избрание Ионы, при этом московская церковь заявила об автокефалии, то есть самостоятельности. Это событие прошло под аккомпанемент проклятий Рима, оттуда посадили исидоровских и виссарионовских учеников в митрополичьи кресла в Киеве и в Вильно, папа Пий II повелел польскому королю «поймать и сковать нечестивого Иону».