С целью усиления позиций в литовско-украинском вопросе Московия предприняла сильный ход, связанный с учреждением патриаршества. Эта миссия выпала на долю митрополита Иова, ставшего первым русским патриархом и сыгравшего значимую роль в истории нашей страны. Ему — выдвинувшемуся в ходе опричнины — тоже не повезло с точки зрения исторической репутации, поскольку верой и правдой служил и Фёдору Иоанновичу, и Борису Годунову. Романовский официоз начиная с Карамзина обвинял Иова в потворстве тёмным силам. Происхождением будущий патриарх не был связан с литовско-украинскими землями, его карьере способствовал сам Иван Грозный. В 1581 году Иов уже епископ Коломенский, в 1586-м — архиепископ Ростовский, а с 1587-го — митрополит.
К этому времени Москва выдвигает претензии на учреждение патриаршества, что вызвало неоднозначное отношение на Востоке. Ситуации благоприятствовала крайне тяжёлая обстановка в Константинопольской патриархии. Борьба двух группировок поставила её на грань финансового разорения. Поэтому победивший патриарх Иеремия впервые в истории решился на поездку в Московию, рассчитывая на щедрые царские дары. В Москве шанса не упустили и после долгих переговоров, пререканий и уловок добились от высокого гостя согласия на патриаршество. В 1589 году Собор глав Восточных церквей утвердил это решение, но по рангу поставил московского патриарха на пятое (последнее) место, что вызвало негодование в Москве. Там как минимум рассчитывали на третью позицию после Константинопольской и Александрийской церкви. Спор остался незавершённым, поскольку Иов и правительство просто-напросто проигнорировали это мнение.
Иов не благоволил иосифлянам, которым правление Фёдора Иоанновича радости не принесло. О направленности церковной политики свидетельствует канонизация Максима Грека, обличавшего религиозных коммерсантов и осуждённого ими ещё при митрополите Данииле. Именно патриарх Иов стал ключевой фигурой, обеспечившей избрание Бориса Годунова царём на Земском соборе 1598 года. Из 474 участников 100 — духовные лица, ориентировавшиеся на главу церкви. Иов участвовал во всех переговорах, церемониях и крестных ходах, связанных с избранием. Как язвительно заметил С. М. Соловьёв, патриарх проявил усердие к выгодам Годунова, более чем сам Годунов. Подобный сарказм сопровождал всё, что связано с избранием Бориса на царство. Мелкодушный, безнравственный, властолюбивый — такими эпитетами награждали нового государя романовские историки.
В этом нет ничего удивительного: продолжатель Ивана Грозного не мог рассчитывать на иное. Годунов пролонгировал политику по укреплению многочисленных средних слоёв, видя в них опору, благоприятствовал консолидации различных групп служивых людей. Проводил так называемое «обеление» запашки, то есть ослабление от тягла, что должно приостановить разорение, замедлить запустение поместного земельного фонда. С другой стороны, в годуновское правление выпады против крупного боярства не канули в прошлое, то затухая, то вспыхивая вновь.