После случившегося лодка уже не имела другого выбора, как идти в Берген. Утром 22 июня Кречмер высадил там своего больного подводника, но задерживаться в Норвегии не стал, решив возвращаться в Германию. Как оказалось, это было рискованное решение: в течение следующего дня лодка дважды становилась целью для британских самолетов. Но все обошлось благополучно, и днем 24 июня U 99 сначала достигла острова Гельголанд, а рано утром следующего дня пришла в гавань Вильгельмсхафена.
Люфтваффе против кригсмарине
Ремонт занял двое суток. Рано утром 27 июня Кречмер вышел в бухту Ядебузен для проверки качества ремонта. Была обнаружена неисправность левого дизеля, которая была устранена силами экипажа. Закончив ремонт к вечеру, Кречмер встретился с кораблями эскорта, которые сопроводили его до прохода в минных полях. U 99 вышла в открытое море, взяв курс на пролив Фэр-Айл для выхода в Атлантику, но Северное море не отпустило лодку без сюрприза.
Рано утром 29 июня к востоку от Абердина U 99 чуть было снова не стала жертвой атаки немецкого самолета. Кречмер, кипя от злости, сделал в журнале боевых действий следующую запись:
«Погрузились от самолёта с немецкими опознавательными знаками, зашедшего со стороны солнца, пеленг 30°. В это время верхняя вахта как раз покидала мостик, поэтому на вызов [самолета. – Прим, автора] уже было невозможно ответить. Три неудачно сброшенных бомбы взорвались, когда лодка была на 14,5 метрах при дифференте 15° на нос, т. е. когда корма всё ещё была над водой. Повреждения (кроме стекла и фарфора): вводы кормовой антенны пропускают воду, верхний изолятор треснул, кормовая антенна неработоспособна. Поврежден баллон со сжатым воздухом «Тритон». Электрический привод кормовых горизонтальных рулей вскоре починен. Атака произошла на действительном маршруте выхода и возвращения немецких подлодок, а также в 43 милях от их ближайшей зоны патрулирования, и поэтому не может быть отнесена к навигационной ошибке самолёта».
Пролежав на дне пять часов, U 99 всплыла на поверхность. Кречмер отправил Деницу сообщение о случившемся, ехидно отметив в журнале, что последний сможет утихомирить пыл люфтваффе, которые после этого перестанут вредить своим же подлодкам. После этого U 99 вышла в Атлантику, пройдя в полночь проливом Фэр-Айл. Этот отрезок пути она проделала на одном дизеле, пока инженер-механик с подчиненными занимался ремонтом второго.
На следующий день в поле зрения немцев попал английский сторожевик, который, вероятно, тоже заметил лодку. Но погода была настолько плохая, что о какой-либо атаке не могло быть и речи. Чтобы не дразнить противника, Кречмер погрузился. Последующие двое суток прошли спокойно: U 99 прошла подходы к Северному проливу и начала огибать Ирландию с запада, не встретив никаких целей. Утром 3 июля Кетчмер добрался к району Западных подходов, заняв позицию к юго-западу от Ирландии. Он ожидал встретить в этом месте оживлённое судоходство противника, о котором четыре дня назад доложила U 47 Гюнтера Прина.