На Средиземноморье появились новые деятели, среди них – англичане и голландцы. И хотя орден к началу XVIII века почти полностью перешел на парусники, баланс сил на море сместился. К 1705 году, когда великим магистром был испанец Рамон Переллос, флот ордена состоял из пяти линейных кораблей и пяти галер. Но проблема с новыми, более тяжелыми парусниками заключалась в том, что, хотя команды на них были меньше, они были чрезвычайно дорогостоящими в постройке и эксплуатации. Переллос, очень богатый человек, как и другие великие магистры этого периода, щедро тратил свои деньги на нужды ордена. После его смерти было подсчитано, что он потратил четверть миллиона скуди из своего кармана на флот ордена. Но даже при этом орден был вынужден взять огромный заем в банке Генуи, который можно было вернуть, только если обложить налогом все земли. Орден жил не по средствам, а его доходы уменьшались.
Новые великие морские державы, которые стали интересоваться торговлей и делами Средиземноморья, не испытывали уважения к ордену святого Иоанна, которое оказывало ему веками его католическое окружение. Они были, скорее, склонны в своей грубоватой, северной и, следует помнить, протестантской манере обращаться с этими благородными защитниками веры учтиво. Вот, к примеру, что капеллан Генри Теондж записал в своем дневнике о визите на Мальту на корабле Assistance в 1675 году: «Этим утром мы подошли к Мальте. Перед входом в гавань к борту подошла шлюпка с мальтийским флагом – мальтийцы желали знать, откуда мы. Мы сказали, что из Англии. Тогда они спросили, есть ли у нас медицинская справка о состоянии здоровья команды. Наш капитан ответил, что у него нет никаких справок кроме тех, что в дулах наших пушек. Мы зашли в гавань и около 9 часов бросили якорь между старым городом (Биргу) и новым (Валетта). Но нам пришлось ждать разрешения выйти в город, которое задерживалось, потому что наш капитан не поприветствовал город, не уверенный, что мальтийцы не сделают то же самое. Наконец прибыл консул со своими помощниками. Он сказал, что мы можем сойти на берег группами по 6, 8 или 10 человек и получить там все, что хотим. И еще он обещал ответить на наше приветствие. После этого капитан выпил стакан вина за здоровье короля Карла и велел дать выстрел из 7 пушек. Город ответил салютом из 5 пушек – большей чести они не оказывали ни одному военному кораблю, заходившему к ним ранее».
Интересно заметить, что, когда рыцари ордена посетили английское судно, капеллана использовали как переводчика, a lingua franca