В центральной части столицы, на главных памятниках государственного значения, не обнаружено документальных свидетельств о преследовании и опальном статусе Нефертити. По письменным свидетельствам, она сохранила за собой собственный дворец в самом центре Ахе-татона, который был воздвигнут подле главного дворцового комплекса и соединялся с ним висячим переходом. Он представлял собой обширное кирпичное сооружение с большим садом перед фронтоном, усаженным деревьями и цветами и пересеченным разветвленной ирригационной системой. В целом это сооружение состояло из сложного комплекса дворов, переходов, множества больших и малых покоев.
Внутри были найдены шесть опочивален дочерей Нефертити, расположенных по три в ряд по сторонам разделяющего их коридора.
Пол помещения за спальнями царевен был покрыт разноцветными мазками красок. Это следы очистки найденных здесь детских кисточек из тростника и сами краски для рисования.
Неизвестно, кто привил царевнам вкус к изобразительному искусству. Может быть, это самые древние в истории примеры детского эстетического воспитания.
Кстати, в гробнице Тутанхамона была обнаружена небольшая палитра из слоновой кости с шестью углублениями для красок, которая принадлежала сестре жены фараона Анхесенпаатон — Меритатон. Сохранилась и совсем крошечная дощечка для растирания красок, принадлежавшая второй по возрасту дочери Нефертити — Мекататон.
В личном владении Нефертити продолжало оставаться большое хозяйство, делами которого ведал особый управитель. О его размерах и составе известно мало, но в нем, несомненно, были виноградники значительных размеров и свои винные погреба, хранившие «вино доброе».
Нефертити имела отдельное хранилище драгоценностей и личную охрану. Для нее построили корабли, кормила которых были украшены ее погрудными объемными изображениями. Подобными скульптурами царицы, вместе с супругом и без него, были украшены беседки в придворных садах.
О сохранении большого авторитета Нефертити свидетельствуют тексты молитв, обнаруженные в дворцах придворных вельмож. Эти молитвы были обращены к богу, царю и царице. В них присутствовали не только ее прославления, но и просьбы к ней как к божественной подательнице различных благ. В них она предстает божеством, наряду с Солнцем и своим супругом, не случайно ее кормилицу Тейю величали «взрастившей великую».
В центре метрополии память о Нефертити, о ее дочерях и зятьях никем и никогда не искоренялась.
Как и цари последующих эпох, египетские фараоны за пределами или на окраинах столиц имели свои загородные дворцы. В Ахетатоне их было два, северный и южный.