Бежавший Босвел прислал в Эдинбург своего слугу с поручением выкрасть из замка оставленный им ларец с важными бумагами, но слугу схватили, и под пытками он выдал тайник. В ларце находились бумаги Босвела, письма и сонеты королевы и другие документы. Эта находка могла стать важным свидетельством против Марии. В присутствии лордов ларец вскрыли. Содержание писем оказалось крайне неблагоприятным для королевы. Лорды поспешили разгласить содержание писем во Франции и других странах. Письма неопровержимо свидетельствовали, что королева замешана в убийстве мужа. Проповедник Джон Нокс с амвона назвал королеву прелюбодейкой и мужеубийцей.
25 июля Мелвил — дипломатический агент Марии Стюарт — приехал в Лохливен и привез документы об отречении, которые должна была подписать Мария. Это — отказ от престола, согласие на коронование сына и регентство Меррея. После приступа негодования и отчаяния Мария Стюарт подписала документы. Но, поскольку она лишилась власти, ей уже не было снисхождения — ей отказали в обещанном освобождении. В шотландском парламенте письма и сонеты из ларца зачитывали вслух. (Более четырех веков не умолкают споры о «Письмах из ларца». Одна часть исследователей считает их подлинными, принадлежащими перу Марии Стюарт, другая — искусной подделкой, фальсификацией.) Но Мария пока не была сломлена окончательно. Она еще имела в своем арсенале сильное средство привлекать и очаровывать не только друзей, но и врагов. И этим средством было не столько воспетое поэтами очарование и преданность католической вере, сколько соблазнительные надежды претендентов браком с пленницей открыть себе дорогу к шотландской, а может быть, и к английской короне.
Голова Босвела была оценена в тысячу шотландских крон. Его преследовали на суше и на море. Вначале на маленьком судне он смог убежать от преследователей, но у берегов Норвегии его захватил датский корабль. Одна темница сменилась другой. Первая его попытка к бегству потерпела неудачу, но вторая привела к успеху. Босвел собрал войско — некоторые лорды, хранившие Марии верность, готовы были встать на ее защиту. На сторону Марии склонился дом Гамильтонов, за которым стояло почти тысячное войско. Но Меррей тоже не дремал, он быстро собрал войско и двинулся в направлении Глазго.
30 мая 1568 года в битве при Лангсайдоле наступил час окончательного расчета между королевой и регентом. Битва была короткой, все закончилось почти в течение часа. Бросив все оружие и триста человек убитыми, последняя армия королевы обратилась в беспорядочное бегство. Мария Стюарт, убедившись, что все потеряно, с небольшим отрядом провожатых решила спасаться бегством, лишь бы не попасть в руки врагов. На третий день отряд достиг Дандреннанского аббатства у самого моря. Путь назад был отрезан, а армия — разбита. Мария могла уехать во Францию, Испанию или Англию. Но во Франции ее знали королевой, и она не хотела возвращаться туда нищенкой, а в Испанию бежать ей казалось унизительным. Оставалась лишь Англия. Она написала письмо Елизавете, в котором рассказала обо всем случившемся и попросила убежища: «Милая сестрица, позволь мне предстать перед тобой… я уповаю на твое доброе сердце». 16 июля Мария села в рыбачий челн, пересекла залив и высадилась на английском берегу.