21 апреля Мария в сопровождении нескольких всадников возвращалась из замка Стирлинг, куда ездила проведать своего сына. В шести милях от города из засады на них напал большой конный отряд во главе с Босвелом. Он схватил за повод коня королевы и, якобы взяв ее в плен, увез в замок Донбар. Для отвода глаз была предпринята попытка освободить королеву, но все заканчивалось вполне мирно. Итак, Босвел, как дерзкий разбойник, напал на королеву, и теперь только в браке с этим человеком она могла восстановить свою поруганную честь.
Однако похищение было сработано слишком топорно, и никто не поверил, что над королевой Шотландской учинили насилие. Да и королева вскоре представила ситуацию в таком виде, что у нее-де нет основания жаловаться и ей следует поразмыслить над сделанным предложением. У государей Европы это вызвало единодушное осуждение: если королева соединится в браке с убийцей своего мужа, она утратит престол и честь, благоволение папы, а также симпатии Испании и Франции.
Свадьбу совершили тайком: в четыре часа утра несколько человек появилось в замковой часовне, приглашенных гостей пришло очень мало. Орган молчал, и обряд завершили очень быстро, без свадебного кортежа и других принятых в таких случаях атрибутов.
Мечта королевы сбылась, но именно теперь в ее душе произошел надлом. Мария поняла, что для нее все потеряно. Три недели длился этот горький медовый месяц. Елизавета не отвечала на ее письма, лорды не отзывались на приглашения. Вокруг образовалась какая-то зловещая пустота. Босвел и Мария уединились в неприступной крепости Бортулк.
Дальнейшие события развивались стремительно. Войска лордов захватили Эдинбург и начали наступление на Бортулк. Босвел подготовил свое войско к бою. У Корбери-хилла, в шести милях от Эдинбурга, сошлись два крупных отряда. Мария настояла на переговорах с мятежными лордами. Ей поставили последнее условие — пусть королева отречется от Босвела и вернется с войском лордов в Эдинбург. Марии пришлось согласиться, а Босвелу — спасаться бегством. От Лангсайдола до Эдинбурга она шла в окружении солдат. Из окрестных деревень прибывали все новые и новые охотники до небывалого зрелища. Такого унижения королева еще никогда не испытывала. Ее привели в Эдинбург в дом профоса, где она провела ночь в безысходном отчаянии. Решено было поместить королеву в замок Лохливен, который стоит посреди озера и со всех сторон отрезан от суши. На лодке Марию подвезли к замку, и ворота за ней закрылись. Идиллия власти и любви сменилась долгим заточением.
Пленение королевы вызвало смятение в странах Европы. Встал вопрос о мерах по отношению к монарху, который оказался недостоин королевского венца. Ведь Мария избрала супругом человека, который не только уже был связан брачными узами, но и единодушно заклеймен как убийца шотландского короля. Европейские монархи, однако, по-разному отнеслись к судьбе королевы. Особенно решительно на сторону своей давней противницы стала Елизавета. Это могло показаться странным, но дело было в том, что она стремилась защитить Марию не как человека, женщину, а как королеву. Елизавета выступала за идею неприкосновенности царственных прав, тем самым отстаивая и собственные права. В письмах к королевскому совету Шотландии английская королева писала: «Вашего обращения с королевой Шотландии мы не можем ни одобрить, ни стерпеть. Велением божьим вы — подданные, а она ваша госпожа, и вы не вправе приневолить ее к ответу на ваши обвинения». Однако Елизавета натолкнулась на открытое сопротивление лордов. У нее хватило бы, конечно, сил их приструнить, но, поскольку случай дал ей в руки смертельное оружие против Марии Стюарт, она не хотела от него отказываться.