Первое время ее полновластным руководителем в роли куратора был сам Иван Иванович Шувалов, с присущей ему энергией взявшийся за претворение в жизнь замыслов об основании художественного образования в России. Занятия в Академии начались уже в 1758 году.
Первых слушателей набрали среди учеников гимназии при Московском университете, проявивших склонности к изящным искусствам. Помещения для занятий Шувалов предоставил в своем собственном петербургском доме. Этим не исчерпывался материальный вклад куратора в обеспечение условий для нормального функционирования Академии. Он подарил Академии свою великолепную картинную галерею из 104 картин, среди которых были шедевры Рубенса, Иорданса, Остаде, Ван-Дейка, Рембрандта, Тинторетто, Лотто, Веронезе, Гверчино, Перуджино, Греза, Пуссена и других первоклассных мастеров. Благодаря этому ученики Академии с первых же своих шагов общались с произведениями корифеев мирового искусства, воспитывая вкус и расширяя кругозор. Учащиеся также свободно могли знакомиться и с коллекциями Эрмитажа. Академическая художественная галерея постоянно росла за счет других пожертвований, в результате чего к 1770 году в собрании Академии художеств было уже 337 картин, 7728 рисунков, множество «антиков» — обломков древних мраморных статуй и барельефов, а также гипсовых слепков с памятников античного ваяния.
Вначале Академия, когда ею управлял еще И. И. Шувалов, формально числилась при Московском университете. При новой императрице Екатерине II Шувалов впал в немилость и вынужден был от греха подальше отсиживаться в чужих краях. Жил сначала в Вене и Париже, потом в Лондоне, а затем целых восемь лет в Риме. За границей И. И. Шувалов общался с тамошними знаменитостями, встречался с Вольтером, с которым (как и с Гельвецием) переписывался еще с 50-х годов, пересылая фернейскому мудрецу материалы для его «Истории Петра Великого», в Риме закупал для Академии художеств слепки с прославленных античных статуй, а также картины старых мастеров для Эрмитажа. Между этими делами он выполнил одно деликатное дипломатическое поручение императрицы в сношениях с Ватиканом, чем завоевал благорасположение Екатерины II, и смог вернуться на родину, где по сему случаю Г. Р. Державин сочинил «Эпистолу И. И. Шувалову на прибытие его из чужих краев».
Его возлюбленные чада — Московский университет и Петербургская Академия художеств — тем временем росли и крепли в силах. Александр Филиппович Кокоринов, который еще при И. И. Шувалове был назначен директором Академии, разработал проект нового грандиозного здания, приличествовавшего своей величавой архитектурой «гнезду высоких художеств», и теперь полным ходом в Петербурге шло возведение этого храма искусств.