Преемником И. И. Шувалова стал в 1763 году Иван Иванович Бецкий, принявший должность президента Академии, в которой он состоял более 30 лет. Он прожил долгие годы во Франции, вращался там в кругу энциклопедистов, воспринял их педагогические идеи, направленные на воспитание «новой породы людей». Бецкий собрал огромную коллекцию рисунков в числе более семи тысяч, которую передал Академии художеств.
При И. И. Бецком Академия обрела окончательную структуру и формы высшего художественного института, готовившего отечественных мастеров живописного, скульптурного и архитектурного дела.
На первых порах художествам в Академии обучали исключительно профессора-иностранцы, которых лично подбирали сначала И. И. Шувалов, а затем И. И. Бецкий главным образом во Франции. Лишь постепенно наряду с чужеземными специалистами к преподаванию стали привлекаться русские мастера из числа питомцев самой Академии.
Немалые трудности встретились и при наборе отроков с задатками художественных способностей. 38 учеников, которые числились в Академии в мае 1758 года, были набраны из числа гимназистов Московского университета и некоторых других мест, а потом И. И. Шувалову пришлось выискивать способных к художествам юношей буквально по одному, проявляя при этом редкое чутье на таланты. В архиве Академии сохранились документы И. И. Шувалова, в которых он, например, обращается в контору строений Зимнего дворца с просьбой отпустить в Академию плотника С. Соколова, показавшего себя искусным в чертежном деле, в канцелярию Семеновского полка относительно солдата М. Кунавина, «который в резном художестве искусен», в Царское Село с требованием прислать способного в лепном деле Гр. Стригуцкого…
Однако такая практика не могла обеспечить постоянный приток в Академию нужного числа учеников, и тогда возникла идея создания Воспитательного училища, призванного наряду с общеобразовательной подготовкой давать детям начатки художественных навыков для дальнейшего развития их в самой Академии художеств. Идея эта была осуществлена уже при И. И. Бецком в 1764 году, когда и было основано Воспитательное училище, куда принимали детей пяти-шести лет.
При Бецком же был выработан и в 1764 году утвержден устав Академии художеств. Устав пришел на смену шуваловскому «Регламенту», на основе которого функционировала первые годы Академия, но который не получил узаконения. Принципиальной разницы между двумя этими документами не было. Шувалов разрабатывал свой «Регламент», опираясь на опыт подобных Академии художеств зарубежных учреждений, а также на положения документов, определявших деятельность Академии наук и Московского университета. В силу этого устав Академии художеств имел целый ряд передовых по тому времени узаконений. Ее выпускники вместе со своими потомками получали право навечно быть свободными, без ведома Академии запрещалось их держать под стражей, судить. В стенах Академии запрещались телесные наказания.