В этих условиях сеньоры или города оплачивали услуги специальных «чумных докторов», в обязанности которых входило оставаться в городе до конца эпидемии и лечить тех, кто стал ее жертвой. Считается, что первых чумных докторов нанял папа Климент VI, после чего эта практика стала применяться по всей Европе.
Для защиты от «миазмов» чумные доктора носили ставшую позднее знаменитой клювастую маску. Маска, вначале закрывавшая только лицо, после возвращения чумы в 1360 году начала полностью покрывать голову, она делалась из плотной кожи со стеклами для глаз, причем в клюв закладывались цветы и травы – розовые лепестки, розмарин, лавр, ладан и т. д., должные защищать от чумных «миазмов». Чтобы не задохнуться, в клюве проделывали два небольших отверстия. Плотный костюм, как правило, черного цвета, также делался из кожи или вощеной ткани, состоял из длинной рубахи, спускавшейся до пят, штанов и высоких сапог, а также пары перчаток. В руки чумной доктор брал длинную трость – ее использовали для того, чтобы не дотрагиваться до пациента руками. Но даже такое одеяние не спасало, и многие врачи погибали.
Церковь и народ считали чуму наказанием за грехи, отсутствие любви к ближним, погоню за мирскими соблазнами при полном забвении духовных вопросов. С болезнью пытались бороться с помощью молебнов и крестных ходов. Так, шведский король, когда опасность подступила к его столице, возглавил крестный ход босиком с непокрытой головой, моля об отвращении бедствия. Церкви были заполнены верующими. Как лучшее лекарство для уже заболевших или для того, чтобы избежать заражения, церковь рекомендовала «страх Божий, ибо Всевышний один может отвратить чумные миазмы». Покровителем чумных больных считался св. Себастьян, с ним также было связано поверье о прекращении чумы в одном из городов, когда в местной церкви был построен и освящен придел, где установили статую этого святого.
Когда в итальянской Мессине началась эпидемия, жители стали просить у катанийцев для спасения от гибели мощи св. Агаты. Сначала епископ Катании Герардус Орто согласился было это сделать, но этому воспротивились жители города, угрожая смертью, если он решит оставить город без защиты. В конце концов стороны пришли к компромиссу, договорившись, что патриарх совершит кропление святой водой, в которой была омыта рака святой Агаты. В результате сам епископ умер от чумы, а болезнь не отступила.
В сочинении Compedium от 1345 года сказано: «Первопричиной морового поветрия стало положение звезд, каковое наблюдалось в первый час после полудня 20 марта, когда три планеты сошлись между собой в созвездии Водолея. Ибо Юпитер, жаркий и влажный, заставляет ядовитый пар подниматься над болотами, а Марс – бесконечно жаркий и сухой, поджигает сказанные пары, почему и являются виду горящие искры, в то время как ядовитые испарения и огни пропитывают собой воздух».