Существенные теоретические разногласия Н. И. Бухарина с В. И. Лениным впервые проявились на конференции заграничных секций РСДРП в Берне в феврале-марте 1915 года. Вопреки Ленину Бухарин считал, что в революционной обстановке мелкая буржуазия города и деревни выступит в союзе с буржуазией против пролетариата. Эту же ошибочную позицию он отстаивал и на VI съезде РСДРП в 1917 году. Бухарин возражал также против того, что Ленин в обстановке империалистической войны не считал необходимым выдвигать непосредственно социалистические требования, а ограничивался демократическими. Он поддерживал ленинский лозунг превращения войны империалистической в гражданскую, но возражал против исключения лозунгов о мире, которые, по его мнению, должны были активизировать антимилитаристские настроения масс. Бухарин не понимал в этот период необходимости выдвижения лозунга поражения своего правительства в империалистической войне. По мнению Бухарина, в новый Интернационал необходимо было включить все левые антивоенные элементы, в том числе и группу Л. Д. Троцкого.
Таким образом, Бухарин отрицал многие демократические требования программы РСДРП, выдвигая на ведущее место социалистические задачи, хотя и делал это с существенными оговорками. В целом разногласия между Лениным и Бухариным на конференции в Берне удалось преодолеть. В состав комиссии по подготовке заключительной резолюции вошли В. И. Ленин, Н. И. Бухарин и Г. Е. Зиновьев, и после двухдневной дискуссии она была принята единогласно. На бернской конференции в условиях эмиграции Бухарин виделся с Лениным в последний раз. Их следующая встреча состоялась только в середине 1917 года.
В 1915 году определилось новое разногласие Бухарина с Лениным по национальному вопросу. Владимир Ильич последовательно отстаивал программное положение о праве наций на самоопределение. Как известно, Роза Люксембург считала, что в условиях наступившего империализма, создающего единый хозяйственный комплекс, этот лозунг неосуществим. Аналогичных взглядов придерживались Н. И. Бухарин, Г. Л. Пятаков, Евгения Бош и другие. Они решили издавать новый теоретический журнал «Коммунист». Кроме них в редколлегию вошли В. И. Ленин и Г. Е. Зиновьев. Ленин ставил перед журналом задачу «сплотить всех против шовинизма и каутскианства». Но после выхода в сентябре 1915 года сдвоенного номера «Коммуниста» его издание было прекращено.
Вместе с Г. Л. Пятаковым, с которым у Бухарина в годы эмиграции были дружеские отношения, Николай Иванович решил поселиться в Швеции. Через эту страну протянулись многие нити связей большевистских центров в эмиграции с партийными организациями России. Добирались до Швеции через Францию и Англию, причем в Ньюкасле Бухарин был арестован и некоторое время сидел в тюрьме.