Обе стороны — правительственные войска в императорском дворце и мятежники во дворце Сиракава — поначалу планировали ночную битву, но мятежники решили всё же дождаться подкреплений, остались в своём дворце, и перед рассветом одиннадцатого дня седьмого лунного месяца первого года Хогэн (1156) правительственные войска окружили дворец Сиракава. Бои у стен дворца продолжались до семи часов утра, и нападающие в конце концов приняли решение поджечь дворец, в котором заперлись мятежники. Многим мятежникам, в том числе и организаторам мятежа, экс-императору Сутоку и Левому министру Ёринага, удалось скрыться, однако во время бегства из дворца Сиракава Ёринага был смертельно ранен шальной стрелой. Сутоку вскоре прибыл к своему брату, монаху-принцу Какусё в храм Ниннадзи и сдался правительственным войскам; впоследствии он был сослан в землю Сануки, и само его имя было запрещено упоминать, а потому некоторое время его называли по месту ссылки — государь Сануки. Ёринага же в сопровождении вассалов прибыл в Нара, надеясь повидать перед смертью отца, однако тот отказал ему во встрече, и Ёринага вскорости умер от раны.
После усмирения мятежа те немногие Тайра, что оказались на проигравшей стороне, были поручены заботам Тайра-но Киёмори. Он был не в лучших отношениях с ними, а потому с лёгким сердцем приказал их казнить — в «Повести о смуте годов Хогэн» даже утверждается, что Киёмори казнил дядю и двоюродных братьев с тем умыслом, что Минамото-но Ёситомо также придётся казнить родных, которых среди мятежников было много больше, и к тому же среди пленных были его отец и братья. Если верно то, о чём говорит повесть, то правящий император Го-Сиракава и Тайра-но Киёмори умышленно поставили Ёситомо в безвыходную ситуацию. Если бы он отказался казнить пленных мятежников, то показал бы себя плохим вассалом, ослушником, идущим против воли государя. В то же время казнь отца и братьев неминуемо вызвала бы общественное осуждение, что тоже ослабило бы его позиции как военного лидера. И в том, и в другом случае род Минамото был бы ослаблен настолько, что уже никогда не мог бы играть сколь-либо важные роли. Го-Сиракава, вероятно, таким образом избавлялся от чересчур возомнивших о себе Минамото — не зря же столько Минамото воевали против Го-Сиракавы. Для Тайра-но Киёмори уничтожение Минамото означало усиление рода Тайра, ведь если ранее этим двум воинским родам приходилось соперничать друг с другом в стремлении получить более выгодные должности, то теперь у Тайра соперников не оставалось.
Минамото-но Ёситомо не стал перечить императору и распорядился казнить отца и братьев. Когда он управился с ними, от Го-Сиракава последовал новый приказ — разыскать и казнить малолетних сыновей мятежника Тамэтомо, то есть братьев Ёситомо. Он справился и с этим, приказав зарубить четверых детей, старшему из которых было тринадцать лет, а младшему — шесть. В результате Ёситомо лишился родственников, которые когда-нибудь могли бы оказать ему поддержку, и снискал славу не только отцеубийцы и братоубийцы, но и детоубийцы тоже. Замысел Го-Сиракавы и Киёмори сработал, и многим казалось, что роду Минамото уже никогда не подняться. Неизвестно, предвидел ли Го-Сиракава дальнейшее развитие событий, но ему, опасавшемуся усиления Минамото, довольно скоро пришлось делиться властью с Тайра, у которых не стало конкурентов в деле управления войсками.