В реальности проникновение ЦРУ в Афганистан началось за несколько лет до событий 11 сентября. Плотные контакты между ЦРУ и узбекскими спецслужбами были установлены в 1997–1998 годах, и первоначально их целью являлось установление оперативной связи с Северным альянсом через Ташкент, а после взрывов бомб у посольств США в Дар-эс-Саламе (Танзания) и Найроби (Кении) в 1998 году спецслужбы США и Узбекистана начали проведение совместных операций против талибов и их союзников из Исламского движения Узбекистана (ИДУ). Иными словами, Пентагон и ЦРУ начали активно действовать в Узбекистане за четыре года до подписания в октябре 2001 года межгосударственного соглашения Дональдом Рамсфелдом и президентом Исламом Каримовым.
Соглашению 2001 года о размещении первой и самой крупной на территории постсоветских стран американской военной базы Карши-Ханабад, или К-2, предшествовало предварительное соглашение Узбекистана о сотрудничестве с ЦРУ, которое было заключено в 1999-м. Активным организатором, продавившим это соглашение и в Вашингтоне, и в Ташкенте, был старший офицер ЦРУ Ричард Бли (Richard Blee), в свое время глава резидентуры ЦРУ в Афганистане, который остается главным фигурантом в истории о «секретном американо-узбекском альянсе». 11 сентября 2001 спецподразделения Армии США уже находились на территории Узбекистана, на военной базе К-2. А спустя десять дней, за две недели до формального военного соглашения между ВС США и узбекскими военными, ЦРУ уже направило на базу Карши-Ханабад свои подразделения. Для «фактории» ЦРУ в Узбекистане главной задачей было закрепление на территории страны, создание элементов «глубинного государства» и его боевых отрядов, на роль которых планировалось Исламское движение Узбекистана (ИДУ).
Здесь нужно напомнить, что принятый в 1980-х годах директором ЦРУ Уильямом Кейси ряд решений по ведению тайных операций в Афганистане касался не только этой страны. Разработкой этих решений занимались не столько бюрократические структуры Лэнгли, сколько директора саудовской разведки — сначала Камаль Адам, а затем и принц Турки бен Фейсал. Среди этих решений нужно выделить два: во-первых, создание своеобразного «иностранного легиона», предназначенного для оказания помощи афганским моджахедам, иными словами — создание сети поддержки, которую мы знаем сегодня под именем «Аль-Каиды»; во-вторых, активное агентурное проникновение на территорию советской Средней Азии, вербовка «на будущее» граждан среднеазиатских республик.
Именно из этой агентуры состоял вначале костяк ИДУ, который опирался на организационные и финансовые возможности, созданные ЦРУ и саудитами. Достаточно вспомнить, что узбекские исламисты не испытывали недостатка в финансовых средствах, причем денежная помощь поступала к ним не только из Афганистана. Известно, что подданный Саудовской Аравии, уйгур по национальности, Мухаммад-Амин Туркистони вручил в 1999 году одному из лидеров узбекских исламских радикалов Тахиру Юлдашеву 260 тысяч долларов для закупки оружия, половина которого была передана уйгурским сепаратистам КНР.