И что интересно, увеличение американского присутствия в Узбекистане странным образом совпало с ростом активности ИДУ: с середины 2001 по 2005 год численность боевиков ИДУ составляла около 10 тысяч человек, военизированные формирования имели миллионы американских долларов и новейшее вооружение. На территории Афганистана, которую активно «чистили» в этот период американцы, действовало несколько лагерей для подготовки боевиков, и лагеря эти чудесным образом не попадали под бомбовые удары авиации так называемых Международных сил содействия безопасности (МССБ). И при этом на афганской территории ИДУ действовало наравне с талибами, в некоторых военных ситуациях его лидеры демонстрировали свою самостоятельность и превосходство. Чуть позже бойцы ИДУ стали проводить теракты совместно с «Аль-Каидой» в Афганистане и Пакистане.
О своих планах лидер узбекских исламистов Тахир Юлдашев заявлял не из какой-то пещеры, как его старший коллега Бен Ладен, а в интервью «Радио Свобода»: «Мы знаем свою цель, эта цель — свергнуть существующий в Узбекистане строй, освободить из застенков около ста тысяч наших братьев и сестер — верующих мусульман Узбекистана — и создать в Узбекистане такой режим, при котором люди могли бы свободно исповедовать свою веру».
Естественно, противоречия американской версии борьбы с ИДУ не могли не вызвать пристального внимания Ташкента. И вскоре стало понятно, что Вашингтон ведет двойную игру, реализуя собственный план перехода власти в Ташкенте от Ислама Каримова к американским кандидатам. Претензии американцев к Ташкенту заключались в том, что Ислам Каримов, идя на сотрудничество, совершенно не намерен был позволять создавать в стране «глубинное государство» или передавать контроль над узбекскими силовиками в иностранные руки. По инициативе узбекской стороны начались свертывание сотрудничества, ограничения в деятельности оперативников ЦРУ на территории страны и прочие неприятные для Вашингтона вещи.
Более того, И. Каримов совершенно не намеревался «переформатировать» Узбекистан под стандарты «американской демократии», которые на Востоке всегда оборачиваются для государств еще худшей диктатурой, утратой самостоятельности и перехода природных ресурсов под «внешнее управление». Поэтому И. Каримов был признан в Вашингтоне неперспективным для дальнейшего сотрудничества, и те, кто разворачивал «специальное» американоузбекское взаимодействие, решили под прикрытием андижанских событий 2005 года сместить его.
В январе 2005 года секретарь посольства США в Ташкенте Майкл Голдман (Michael Goldman) начал ходить по домам некоторых правозащитников Узбекистана и задавать им вопросы из специально подготовленного опросника: