В XV–XVI вв., когда турки-османы оккупировали Грецию, в эти недоступные места массово бежали христиане. В этот период здесь возникло свыше тридцати монашеских общин. Это тяжелое время для многих стало духовным подвижничеством и святым молением за свою исстрадавшуюся родину. Но в XVII–XVIII вв. начинается запустение обителей, многие из них распались. XIX в. открывает Метеоры для любопытных путешественников, которые частенько стали нарушать аскетический покой насельников. Чтобы попасть сюда, редким посетителям приходилось либо взбираться по неустойчивым веревочным лестницам длиною более 30 м, либо подниматься в плетеной сетке на канате, раскачиваясь под порывами ветра на головокружительной высоте. Не каждый на это осмеливался. Снабжение монастырей и по сей день осуществляется с помощью подобных сеток.
После Первой мировой войны паломничество в монастыри Метеор усилилось, как и активней стал развиваться туристический бизнес, предлагая местные уникальные природные и архитектурные достопримечательности. Из города Каламбаки проложили к наскальным монастырям новую комфортную дорогу. Сейчас до многих монастырей можно подниматься по узким серпантинам вырубленных в скалах ступеней. Большинство монахов не стали мириться с повседневной суетой приносимой мирской жизни и давно покинули многие обители. Теперь монастыри Метеоры скорее напоминают музеи, экспонирующие быт и нелегкий монашеский уклад жизни. Например, в трапезной монастыря Варлаам, в 1960 г., после реставрации оборудовали такой специальный музей. Следует отметить, что среди церковного убранства здесь, как и в других греческих монастырях и приходских храмах, встречаются многочисленные изображения двуглавых орлов на церковной утвари.
Во всех монастырях сейчас живет всего лишь несколько десятков монахов, но здесь по-прежнему царит традиционный монашеский устав. И паломникам не следует нарушать особую духовную атмосферу. На сегодняшний день в Метеорах осталось только шесть действующих монастырей: четыре мужских (Преображения Господня, Преподобного Варлаама, Святой Троицы и Святого Николая Анапавса) и два женских — Святой Варвары (Руссану) и Святого Стефана. В монастырь Святого Стефана легче всего попасть: нужно только пройти по нависшему над пропастью мосту. И он процветает по сравнению с другими метеорскими монастырями. В арке над входом сохранилась плита с надписью «6770 год. Иеремия», что свидетельствует, что некий отшельник Иеремия здесь жил в 1192 г. от Рождества Христова. В 1961 г. из-за полного опустения монастырь был преобразован в женский. В трапезной монастыря сегодня экспонируется выставка монастырских реликвий. Но главной святыней является честная глава священномученика Харлампия, который пострадал за Христа во II в.