Член Реввоенсовета Республики (08.10. 1918—04.07.1919). Члены РВСР намечались ЦК РКП(б) и утверждались Совнаркомом. Все военные ведомства и учреждения подчинялись Реввоенсовету Республики — высшему коллегиальному органу управления Рабоче-крестьянской Красной армией и Рабоче-крестьянским Красным флотом. Член Бюро Реввоенсовета Республики в составе председателя Л.Д. Троцкого, главкома Вацетиса и военкома Полевого штаба С.И. Аралова (30.11.1918).
Член Военно-революционного трибунала при РВСР (14.10.1918—08.07.1919). 14 октября 1918 г. РВСР издал приказ № 94, п. 11: «Сформировать Военно-Революционный Трибунал при Революционном Военном Совете Республики под председательством т. Данишевского и членов тт. Мехоношина и Аралова».
Комиссар Полевого штаба РВСР (24.10. 1918—15.06.1919). Этот штаб осуществлял руководство боевыми операциями на фронтах; все директивы Главного командования, все доклады в правительство о положении на фронтах Гражданской войны составлялись при его участии, его подписью скреплялись все документы Полевого штаба.
Начальник Регистрационного управления Полевого штаба РВС Республики, первого центрального органа военной агентурной разведки и военной контрразведки (военного контроля) (05.11.1918 —15.06.1919).
Член РВС 12-й армии (19.07.1919—21.10.1920). Сохранился документ, раскрывающий и другую грань деятельности С.И. Аралова — его дипломатические способности: «Мандат реввоенсовета Юго-Западного фронта. 17 октября 1920 г. Предъявитель сего член реввоенсовета 12-й армии Семен Иванович Аралов согласно указанию Главного командования армиями РСФСР уполномочен РВС Юго-Западного фронта принять участие в работе, созываемой по инициативе Польского командования 18 октября, особой делегации для установления деталей состоявшегося прелиминарного соглашения в качестве председателя означенной делегации, что печатью и подписью удостоверяется. А.И. Егоров».
Член РВС Юго-Западного фронта (21.10–21.12.1920), член РВС Киевского военного округа и помощник командующего по политической части (31 декабря 1920 — апрель 1921).
18 января 1921 г. член РВС Киевского военного округа С.И. Аралов получил предписание заместителя председателя Реввоенсовета Республики Э.М. Склянского выехать в Москву ввиду назначения для работы в Наркомат иностранных дел. С.И. Аралов сообщил командующему войсками Украины М.В. Фрунзе о предполагаемом переводе и о своем протесте против нового назначения и попросил оставить на военной работе. 31 января Аралов получил телеграмму следующего содержания: «Харьков. 31.1. Согласно постановлению ЦК от 28 января Вы оставлены [в] Киевском округе. Командвойск Украины Фрунзе». Однако отсрочка была недолгой. 10 апреля Г.В. Чичерин обратился с письмом к В.И. Ленину с предложением назначить С.И. Аралова, К.К. Юренева и А.Г. Шлихтера на дипломатическую работу. 27 апреля Аралов получил мандат СНК о назначении полномочным представителем РСФСР в Литве (апрель — ноябрь 1921).