До заключения Брестского мира в подчинении оперативного подотдела находился левоэсеровский Центральный штаб партизанских формирований. Начальником штаба в этот период стал П.И. Шишко, бывший матрос миноносца «Достойный» (Гельсингфорс), член ВЦИК первых созывов (1917–1918), член ЦК партии левых эсеров-интернационалистов, а его помощником назначен А.И. Ковригин. Он сменил Шишко, когда того направили на работу на Украину. В конце марта — начале апреля Центральный штаб партизанских формирований был переименован в Особое разведывательное отделение. Позднее Аралов рассказал и об одном из разведывательных отрядов, который возглавлял левый эсер А. Ковригин. «Ко мне обратилась весной 1918 года группа левых эсеров во главе с Ковригиным, Шишко и др., с предложением своих услуг в области разведки в районе Минской, Смоленской, Витебской губерний (так называемый “район западной завесы”) и отчасти Украины. Эта группа работала до конца лета и лево-эсеровский мятеж на ней особенно не отразился… После восстания Ковригин продолжал принимать деятельное участие в нашей разведывательной работе, давал серьезные сведения о расположении частей противника, организовывал подрывные группы…» Ковригин по поручению Аралова сформировал партизанскую школу.
Для руководства строительством массовой регулярной Красной армии необходимо было прежде всего создать единый высший военно-стратегический орган управления и соответствующий исполнительный аппарат с широким участием военных специалистов. 3 марта 1918 г. на заседании Совнаркома было принято решение о создании такого органа — Высшего военного совета (ВВС). Военным руководителем Высшего военного совета был назначен бывший Генштаба генерал М.Д. Бонч-Бруевич, его помощником — бывший Генштаба генерал С.Г. Лукирский, а политическими комиссарами — П.П. Прошьян (член ЦК партии левых эсеров) и К.И. Шутко (большевик). Бонч-Бруевич был хорошо знаком с деятельностью разведки и контрразведки еще по дореволюционным временам.
Первым мероприятием ВВС после заключения Брестского мира было создание так называемой «завесы» (заслона) «из отдельных отрядов, удерживающих указанные каждому из них районы и действующих во взаимной связи» на наиболее вероятных направлениях наступления неприятеля. В связи со сломом старой армии штабы фронтов старой армии упразднялись, на них возлагалась задача «закончить демобилизацию остатков армий и имущества»; как прообраз будущих фронтовых объединений в составе «завесы» предусматривалось, в частности, образование Северного, Северо-Западного, Западного и Южного участков отрядов «завесы» и двух оборонительных районов — Петроградского (объединенного в апреле 1918 г. с Северным участком) и Московского. В участки «завесы», во главе каждого из которых стоял военный совет в составе военного руководителя и двух комиссаров, входили все красноармейские, красногвардейские, партизанские и повстанческие отряды; в отрядах на участках «завесы» создавались штабы, состоявшие из оперативного и общего отделов. Отряды «завесы», прикрыв западные границы страны, сыграли большую роль в обороне Советской республики. Из отрядов «завесы» были сформированы первые регулярные соединения Красной армии.