Реорганизуя и в основном упраздняя руководящие органы старой армии, было решено сохранить на ближайшую перспективу в составе образованного из старого Военного министерства Народного комиссариата по военным делам Российской Советской Республики (10.11.1917 г.) (переименован в Народный комиссариат по военным делам РСФСР 18.01.1918 г.) Главное управление Генерального штаба. Тем самым Отдел генерал-квартирмейстера ГУГШ формально остался центральным разведывательным и контрразведывательным органом вооруженных сил. Начальником ГУГШ в ноябре 1917-го был назначен Н.М. Потапов, сотрудничавший с военной организацией Петербургского комитета РСДРП(б).
После Октябрьской революции руководящий состав разведки во главе с ее начальником Генерального штаба генерал-майором П.Ф. Рябиковым в основном остался на своих местах. «После большевистского переворота, который, несмотря на чувствовавшуюся неустойчивость Временного правительства, все же пришел как-то неожиданно, — писал в своих воспоминаниях Рябиков (с марта 1918 г. — штатный преподаватель Военной академии Генерального штаба), перешедший на сторону Белого движения на Восточном фронте с лета 1918 года (2-й генерал-квартирмейстер при штабе ВГК, которому были подчинены разведка и контрразведка) — Главное Управление Генерального Штаба стало перед вопросом первостепенной важности — что же делать дальше? “Забастовать” ли, как это сделали почти все гражданские министерства, и бросить службу, или же остаться на местах… Все еще продолжающаяся война, тесная связь с союзниками, наличие в Главном Управлении большого количества секретных дел “общесоюзнического значения” и, наконец, полная уверенность в краткости существования большевиков у власти — привело большинство служащих Главного Управления к решению работы не бросать, остаться на местах и пытаться сохранить военный аппарат для продолжения войны, которую вначале все же продолжали и большевики».
«Громадная часть работы “разведывательной части” заключалась в живой и постоянной связи с военными агентами за границей, от которых, — вспоминал П.Ф. Рябиков, — …поступало очень много информаций разведывательного характера. Для продолжения этой работы, прежде всего, надо было сообщить военным агентам телеграммами факт переворота и предложить продолжать работу, подчеркивая ее необходимость для России ввиду еще продолжающейся войны (опираясь на принятое решение)». Целый ряд военных агентов ответили крайне резкими телеграммами, в которых, не жалея нелестных эпитетов в адрес советской власти, выражалось категорическое нежелание с ней сотрудничать. Рябиков скрыл ответы от комиссара Главного управления Генерального штаба и продолжал руководить разведкой. По-прежнему обрабатывались сводки и телеграммы с фронтов и от некоторых из военных агентов, поступали сведения от русского отделения междусоюзнического бюро в Париже и от иностранных военных миссий, особенно французской. Как писал Рябиков в своих мемуарах, «раз заведенная машина продолжала катиться, но, правда, с уже меньшей скоростью». В то же время среди рядовых сотрудников нашелся некий зауряд-чиновник, который выкрал телеграммы военных агентов из шифровальной части и передал их большевикам. Реакция на подобный афронт не заставила себя ждать — большевиками был издан приказ об отрешении от должностей всех военных агентов, высказавшихся против советской власти. Такие отрешения последовали для военных агентов в Швеции, Дании, Лондоне и Риме.