Дворец Ниномару, построенный в традиционном для этой эпохи стиле сёин-дзукури, — самое красивое сооружение замка. Он занимает площадь 3300 квадратных метров и состоит из 33 роскошных комнат, имеющих сложную планировку. Здесь в комнатах для аудиенций сёгун принимал своих вассалов, вел переговоры, занимался составлением документов и деловой перепиской. В отдельных комнатах подданные ожидали приемов, специальные помещения отводились для отдыха сёгуна. Потолок и стены помещений были украшены полихромной и монохромной декоративной живописью с изображением деревьев, цветов, птиц, животных, большую часть которых выполнили художники знаменитой школы Кано. Творчество представителей этой прославленной династии ценилось за непревзойденную изысканность и красоту. Полы в комнатах покрывали более 800 татами. Для защиты сёгуна во дворце Ниномару была разработана особая система потайных дверей, через которые можно было неожиданно входить или быстро и незаметно исчезать, покидая здание. Здесь также были потайные комнаты стражников, скрытые за бумажными стенами, из которых вооруженная охрана сёгуна могла появиться мгновенно. О приближении нежданных гостей предупреждали специально сконструированные «соловьиные полы», издававшие скрип, напоминающий птичье пение.
Не менее прекрасны, чем живопись, украшающая стены дворца Ниномару, были пейзажные сады замка Нидзё с их вечнозелеными соснами, водной гладью прудов, чайными домиками, декоративными композициями из камней, цветущими камелиями, вишневыми и сливовыми садами, которыми можно было любоваться как из внутренних покоев дворца, так и совершая прогулки по их причудливо изгибающимся дорожкам.