. Свои военные корабли Россия в те времена делать не могла в силу отсутствия знаний и технологий и тяжелого экономического положения. Основным назначением флотилии была не борьба со шведским или польским военными флотами, чьи государства тогда были военными противниками России, а нападения на их торговые суда или торговые суда их союзников. Каперская флотилия просуществовала чуть более полгода — с марта по октябрь 1570 года, после чего под давлением Швеции, Германии и Польши датский король арестовал капитана Роде и конфисковал корабли Каперской флотилии. На этом деятельность флотилии закончилась, а через десять лет тяжелым поражением русской армии, нанесенным польскими и шведскими войсками закончилась Ливонская война.
Тяжелое поражение России в Ливонской войне привело к тому, что Россия потеряла земли на берегу Финского залива и крепости Ям (сейчас Кингисепп), Копорье, Корелу (сейчас территория Приозерска), Ивангород, а, следовательно, был утрачен выход к Балтийскому морю. В период правления последнего из династии Рюриковичей — царя Федора Иоанновича, сына Ивана Грозного в ходе очередной русско-шведской войны эти утраченные земли и выход к Балтике удалось вернуть. Однако, в наступившее после его смерти Смутное время балтийские земли вновь были захвачены шведами, после чего Россия на сто лет оказалась отрезанной от Балтийского моря.
В период правления первого царя из династии Романовых — Михаила Федоровича планировалось начать создание российского военного флота, для чего был построен в 1636 году на нижегородских верфях под руководством голштинских (прусских) мастеров фрегат «Фредерикс». Название свое фрегат получил в честь Голштинского герцога Фридриха, с которым по данному вопросу договаривался сам русский царь Михаил Федорович. Его планировалось не только использовать по боевому назначению, но и как образец для постройки своих кораблей.
Однако, Россия только что преодолевшая Смутное время не могла себе такое позволить по экономическим причинам. Сам фрегат «Фредерикс» вскоре после спуска на воду был отправлен с миссией в Персию и по пути к ней потерпел крушение и затонул в Каспийском море. На этом попытка создания военно-морского флота первым Романовым закончилась.
С другой стороны, именно в период правления Михаила Федоровича произошло первое в российской военной истории боевое применение речных сил, когда донские казаки на своих лодках, пусть и не созданных как специальные речные военные суда, спустились по Дону к турецкой крепости Азову. Им удалось взять ее и долго удерживать, держа стойкую оборону от турецко-татарских войск. Это событие, произошедшее в 1637 году, получило название «Азовское сидение», но ввиду слабости русской армии, отсутствия военно-морского флота и неблагоприятных социально-экономических факторов, царь не смог поддержать военной помощью казаков и им пришлось оставить Азов.